噬菌体TSP4密码子偏嗜性及分子伴侣TSPcpn47的特征分析

来源 :昆明理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:danaxiao99
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为了探索栖热菌噬菌体TSP4及模式菌株Thermus thermophilus HB27中6种蛋白编码序列与Escherichia coli基因组遗传密码子使用偏嗜性,评价TSP4基因密码子偏嗜性对其基因异源表达的影响,本研究利用生物学软件Editseq和RSCU算法统计噬菌体TSP4密码子使用频率并分析其偏嗜性,与栖热菌HB27的同源基因以及常温菌E.coli基因组的密码子使用偏嗜性进行对比分析。结果表明,噬菌体TSP4与栖热菌HB27优势密码子相似度高达85%,而与E.coli的相似性仅有65%。噬菌体TSP4与其宿主菌HB27之间密码子高相似性说明在长期的进化过程中TSP4在基因水平上形成对宿主的一种适应性机制。将来源于TSP4中编码分子伴侣(mole cular chaperones)的基因分别转化到E.coli BL21(DE3)和E.coli Rosetta菌株中,经过IPTG诱导,重组蛋白只能在Rosetta中高效表达,通过在线软件E.coli Codon Usage Analyzer 2.1检索结果表明,Rosetta菌株补充了BL21中缺失的6个稀有密码子明显有助于分子伴侣基因的表达,该结果也进一步证明密码子偏嗜性在很大程度上影响基因的表达。对来源于噬菌体TSP4的分子伴侣TSPcpn47蛋白进行保守结构域和进化树分析表明,TSPcpn47属于AAA+家族,含有2个motif分别为walker A motif和Walker B motif;进化树分析结果表明TSPcpn47与来自于栖热菌噬菌体的分子伴侣亲缘具有较高的同源性,但与目前已研究的其它分子伴侣的同源性普遍较低。将分子伴侣TSPcpn47的编码基因经过PCR扩增,连接,转化以后得到重组表达菌pET28a-TSPcpn47/Rosetta,重组蛋白TSPcpn47在1mM IPTG诱导下成功表达,分子量在29kDa左右;在1 6℃诱导10h后,可溶性表达量达到最大。TSPcpn47有ATPase活性,在60℃测得的酶活最高。TSPcpn47在500mM的咪唑缓冲液(pH7.8,20mM MgCl2,4mM ATP)中经高低温交替处理后,能够形成明显的聚合体。功能分析表明,不仅能够帮助变性的GFP蛋白复性,使GFP恢复到原始荧光强度的65%以上,而且在60℃温度处理1h以后,还能够保存GFP蛋白50%以上的荧光强度,比对照组高出30%,证明TSPcpn47具有分子伴侣活性,为进一步深入研究高温噬菌体的耐热抗逆的分子机制奠定了良好的基础。
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