2009年我国把促进基本公共卫生服务逐步均等化纳入医药卫生体制改革的五项重点改革之一。重庆市把基本公共卫生服务均等化作为医改重要内容之一，明确了9类21项基本公共卫生服务内容，要求相关部门加强合作，落实各项服务，逐步促进基本公共卫生服务均等化。重庆市是城乡二元结构十分典型的直辖市，在重庆的特殊市情下，如何真正实现基本公共卫生服务均等化，须深入研究分析。本研究旨找准重庆市基本公共卫生服务多部门合作管理中的主要问题，厘清政府部门、专业公共卫生服务机构、医疗卫生机构的职责，探索构建适合重庆市的基本公共卫生服务多部门合作管理模型，完善多部门合作管理机制，加快推进重庆市基本公共卫生服务均等化。同时本研究对全国基本公共卫生服务具有一定的参考价值。本研究首先对国内外公共卫生服务领域的多部门合作管理进行了总结分析，为本研究提供参考。然后通过总结重庆市开展基本公共卫生服务的主要做法及取得的成绩，定性和定量调查随机抽样的4个区（县）相关政府部门和城乡基层医疗卫生机构，对基本公共卫生服务均等化多部门管理情况进行了研究分析，发现重庆市基本公共卫生服务多部门管理存在以下问题：一是多部门合作管理的部门、机构构成存在缺陷，未发挥好应有的作用；二是基层医疗卫生机构服务能力有限，影响多部门合作管理的最终成效；三是各部门及单位职责不清、问责性和反应性差、运行管理效率低；四是多部门合作管理缺乏有效合作平台及管理机制。针对问题，并通过借鉴、分析国内外多部门合作管理的成功经验，本研究提出以下建议：加强多部门合作管理中涉及的部门、机构建设；提高基层医疗卫生机构服务能力，发挥好在多部门合作管理中的网底作用；建立合作管理平台，明确政府各部门职责，明确多部门合作管理任务与目标，构建多部门合作管理模型；完善多部门合作管理机制，加强合作，规范合作，提高合作效率。