【摘 要】
:
单细胞组学测序技术的快速发展使得在单细胞的高分辨率下得到不同组学的分子测量成为可能。单细胞RNA测序数据(single cell RNA sequencing,sc RNA-seq)是目前使用最为广泛的单细胞测序数据。单细胞染色质可及性的高通量测序数据(single-cell sequencing assay for transposase-accessible chromatin,scATAC-
论文部分内容阅读
单细胞组学测序技术的快速发展使得在单细胞的高分辨率下得到不同组学的分子测量成为可能。单细胞RNA测序数据(single cell RNA sequencing,sc RNA-seq)是目前使用最为广泛的单细胞测序数据。单细胞染色质可及性的高通量测序数据(single-cell sequencing assay for transposase-accessible chromatin,scATAC-seq)能够捕获单细胞分辨率下的染色质景观。然而,单细胞数据的固有缺陷是缺乏表型信息,使得单细胞数据对表型的分析成为挑战。与单细胞测序相比,二代组织测序(bulk sequencing)数据中具有丰富且大量的表型信息,弥补了单细胞测序数据表型信息匮乏的缺陷。本文提出一种使用bulk RNA-seq数据及其相关表型信息鉴定单细胞数据集中表型特异性的细胞亚群的方法,将bulk RNA-seq数据中的表型信息与单细胞数据集进行关联,鉴定出与表型特异性相关的细胞亚群。首先通过相似性的衡量将bulk RNA-seq数据和单细胞数据嵌入到共同的低维空间,然后使用基于典型相关分析的方法对单细胞与每个表型的相关性进行评分,最后筛选出具有统计显著性的细胞群体,作为与表型特异性相关的细胞亚群。本文使用公开的三套单细胞数据集与两套bulk RNA-seq数据集进行实证分析,结合先验的生物学知识,通过下游分析验证方法的准确性。结果表明,与现有的鉴定表型特异性细胞亚群方法相比,该方法能够在单细胞转录组数据中更加准确地识别表型特异性的细胞。此外,本文提出的方法具有处理较大规模的单细胞数据集的能力。在对小鼠单细胞染色质可及性数据的分析实验中,本文提出的方法依然有较好的表现。
其他文献
近几年房地产市场出现了较大波动,许多企业无法正常运营,甚至出现大型头部房企暴雷,资金链断裂的情况。如果不加以整治,会对整个经济市场造成冲击,带来很多不必要的损失。为了更好的使房产市场有序化,近几年国内有意识的进行调整,为促进地产环境和企业健康发展,政府出台房地产资金监管和融资管理规则,不仅限制了房企融资途径,降低房企金融安全风险,更是为了抑制市场地价房价过快增长,保证房地产市场趋于稳定,长远健康发
在过去的十年中,建筑业可谓是热门行业之一,它承担着推动国民经济发展的重任。近年来,随着我国建筑业的快速发展,不同类型的建筑施工单位顺势而生,项目工程的数量逐渐增多,导致竞争逐渐加剧,“供大于求”现象越来越严重,这对建筑企业提出了更高的要求和挑战,如何实现企业战略目标成为企业面临的重要课题。因此,企业必须根据当前的形势调整自己的战略规划才能获得生存和长远发展。T公司作为正处于发展阶段的行业佼佼者,为
资金的运转是企业生存和发展中必不可少的经济活动,资金是维持企业生命力的重要源泉,是推动企业持续发展的血液,是衡量一个企业能否长期生存和发展的必要保障,怎样在企业生产运营过程中保障资金管理的规范性、高效性及安全性是企业财务管理工作所必须探索和研究的问题。而且对于供电企业来讲同样如此,随着市场经济的不断深化,由于能源短缺及环境污染等原因,导致供电企业利润空间持续紧缩。近年来国家电网集团响应国务院号召,
近年随着国内经济形势的变化,金融服务业逐渐进入转型期,第三方支付平台的崛起也给金融服务业带来了更多挑战,追求稳定、高质的发展成为各大型国有商业银行不懈努力的课题。科学规范的绩效管理是推动企业高质量发展的基础保障,长久以来,我国大型国有商业银行仍然保留着较为传统的绩效管理方式,为了抵御外部竞争环境变化带来的风险,国有商业银行必须改善银行自身绩效管理现状,从战略角度出发构建一套科学规范的绩效评价体系来
中等收入陷阱通常指那些经历了快速增长,从而在很短的时间内达到中等收入国家标准,但是却不能进一步赶上高收入国家标准的一种宏观经济现象,即人均国内生产总值(GDP)的增长在达到一定水平后急剧放缓。世界银行报告指出,我国自2011年以来经济增长开始出现放缓现象,人们越来越担心中国正在或也将面临这样的陷阱。金融风险最近几年一直在各种经济领域内持续波动,而宏观杠杆率通常与一国的经济增长效率及金融市场风险高度
面对疫情带来的严峻经济形式,国家电网有限公司提出了在公司内开展专项行动,从根本上提高经营质量和效率,对公司内部进行深化改革,牢牢把握创收节支的思想,一方面积极应对疫情带来的严峻挑战,另一方面响应国家对国有企业改革的号召,确保工作稳中求进,为公司实现高质量发展寻找新的突破点,力求在国有企业中做出表率。M供电公司结合公司发展现状和地方经济发展需求,主动适应内外部经济环境变化,努力挖掘经营管理价值,着力
移动互联网的高速发展引发了教育方式的变革,在线教育凭借时间上、空间上的灵活性逐渐被人们所接受并得到发展。自2017年开始,我国在线教育市场高速发展,传统教育企业和互联网巨头争相进入市场,在线教育用户数持续增多。2021年,“双减”政策的出台严重打击了以学科课程培训为主的教育机构。当前,在线教育市场机遇与挑战并存,在线教育企业要把握市场风向,提高课程质量投入竞争。在竞争中,企业需要对用户进行价值分析
自股票市场建立以来,学术界对股票市场投资风险的度量方法进行了大量的探索和分析,目前,风险值(Value At Risk)成为用来测度股票市场投资风险的一个比较常用的手段。风险值VaR指的是在既定的置信水平下,资产在特定的投资持续期间内出现的最大风险值。本文以风险值VaR为指标探究股票的风险度量问题。首先研究了引进极值理论后的改进风险值VaR计算方法,利用极值理论中的超阈值方法分析极端值数据,在风险
随着国有电力企业的深化改革持续推进,面对更加规范的政府监督管理,M市供电公司立足于自身长期发展需求,提出了“管理提质、改革增效”的财务管理改革。全面预算作为实施改革方案中的重要组成部分,在公司内部率先实施了一段时间,但根据现有情况来看,全面预算管理仍存在一定的提高空间。因此本文选取了M市供电公司作为研究对象,在现行全面预算管理的基础上,分析其中可能存在的问题,协助公司构建更加高效完善的全面预算管理
现如今,专利技术已经成为各国各行业发展竞争的主战场。我国在保护知识产权的工作中取得卓越进展,专利数量也显著提升。1985年我国首次实施专利法,在此后的37年发展中,中国发明专利的申请量和授权量已达到世界第一。但因专利发展年限与其他欧美国家相比较短,我国的专利质量还有待提高。本文结合实际案例并引入机器学习的思想,分析专利质量的影响因素,并构建知识图谱。主要研究思路如下:首先,本文构建了专利质量相关指