1994年分税制财政体制改革以来,随着基本公共服务均等化和主体功能区建设的推进,各类专项转移支付资金的支出规模正在逐年加大,资金的项目也日益向社会民生领域倾斜。基于此,这一特殊资金的使用效益问题引起了社会公众的普遍关注。然而,到目前为止,关于地方各级政府之间的专项转移支付,中央并没有作出统一的规定,资金的运作存在着一定程度上的混乱。显而易见,在这种时代背景下,地方财政专项转移支付资金的绩效审计自然成为我国各级审计机关的一项重要工作。我国财政专项转移支付的发展历程,以资金规模的变化为主线,可划分为起步阶段、初步发展阶段与快速发展阶段。其中,在现阶段,地方专项转移支付已经得到了较快的发展。表现在项目上,就是资金的拨付极具特色,主要涉及经济发展、“三农”问题、环境保护、医疗卫生等方面。但是,关于专项转移支付资金的管理,大部分地方政府仅仅机械照搬中央的做法,并未构建结合实情、具有特色的管理模式,这自然在一定程度上弱化了资金的监管力度,最终带来了分配金额不足、分配方法随意、分配不及时与使用上的违规等一系列问题。为了解决上述问题,必然需要想方设法加强专项转移支付资金的监督与管理。然而,对于地方专项转移支付而言,预算编制的不完整与决算编制的不准确,使得相当一部分资金完全脱离了人大和社会的审查,再度弱化了财政部门、审计机关、人大与社会的“三位一体”监管机制。在这种严峻的形势下,为了确保地方财政专项转移支付资金的使用效益、弥补人大和社会监管上的漏洞,本文从理论与实践两个角度进行深入探讨,逐步树立地方专项转移支付资金的绩效审计业绩观。针对传统审计模式所带来的介入时段滞后、介入形式被动、分歧争议频繁等缺陷,地方审计机关近期纷纷在国家建设领域,采用前移审计关口、充分发挥全程式跟踪审计“预警作用”的方法,来确保工程项目的顺利完工。鉴于此,为了最大限度地发挥专项转移支付资金的功能效益,本文开始尝试将全程式跟踪的审计模式引入到绩效审计的工作之中。通过寻找两者之间的契合点,构建地方专项转移支付资金的追踪问效机制,并从申报立项、分配使用、完工、后续跟踪与管理制度五大关键环节入手,逐步开展专项转移支付资金的全程式跟踪的绩效审计工作。