党的十九届五中全会指出,中国新经济新业态层出不穷,高新技术是国家间经济、政治以及军事等方面竞争的关键要素。近年来,“要素驱动”、“投资驱动”、“创新驱动”的经济增长模式取得了卓有成效的进步,然而,近两年经济发展下行压力加大,要维持经济的持续高速发展,唯有依靠技术创新“突围”。高新技术企业作为创新活动的载体,是减少要素投入,提高经济产出以及提升技术创新效率的重要主体。高昂的创新投入成本是否能带来预期的产出,从而转化成可观的经济效益,以使得研发活动满足成本效益要求显得十分重要。因此,研究高新技术企业的技术创新效率及其影响因素具有重要的意义。基于投入产出视角,对技术创新效率进行研究,首先,文章梳理了技术创新效率及其影响因素,对相关概念以及投入产出指标选取原则进行阐述;其次,从宏观环境层面以及微观财务层面,对高新技术企业技术创新发展过程中存在的问题进行分析。再次,构建投入产出模型并提出研究假设,宏观层面,采用混合DEA模型对长三角地区2007-2018年高新技术产业的技术创新效率进行时空演化分析,从五个维度选取七个环境影响因素,用相似SFA模型进行宏观层面分析,并对长三角各地区的情况进行对比分析;微观财务层面,随机选取上海市35家A股上市的高新技术企业进行企业内部财务方面的分析,从三个维度选取五个财务指标进行回归分析;最后,分别从宏观和微观层面提出上海市高新技术技术创新效率的提升路径。研究结果表明,宏观层面,创新基础环境、制度环境、产业开放程度以及产业现代化程度四个维度对上海市高新技术企业的投入冗余或产出提升有显著的改善作用,从而有助于技术创新效率的提升;创新成果转化子阶段的效率整体低于科技研发子阶段的效率;微观企业层面的效率明显低于宏观产业层面的效率,且企业之间的效率差距较大;企业降低财务风险、提高盈利能力能显著改善企业的投入冗余或产出效益,从而促进高新技术企业技术创新效率的提升。基于此,一方面,文章从宏观层面提出政府应该优化企业开展研发活动的创新基础环境,创造以企业为主体的制度环境,深入推进产学研合作,优化产业空间战略部署以及搭建高新技术企业创新机构平台等措施以促进高新技术企业技术创新效率的提升;另一方面,基于成本效益原则,提出企业应该增加财务柔性储备,优化股权结构并合理协调创新活动的投入产出资源等提升路径。这对提高高新技术企业的技术创新效率,乃至全社会全行业的企业成本效益的提升均具有重要的理论意义与现实意义。