双峰驼免疫球蛋白重链基因的系统分析

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抗体由两条分子量较大的重链和两条分子量较小的轻链组成,轻链和重链以及重链之间由二硫键相连。但是,在骆驼科内发现了一种缺失轻链和重链恒定区第一个结构域(CH1)的抗体,称为重链抗体(Heavy chain only antibodies,HCAbs)。通过其RNA信息和基因组序列,我们对双峰驼免疫球蛋白重链基因进行了系统分析。  利用5 RACE,我们从双峰驼脾脏RNA中得到了三种免疫球蛋白重链基因可变区的特异性cNDA文库,利用3′RACE,我们建立了免疫球蛋白重链CH基因特异的cDNA文库用于分析其免疫球蛋白的基因类型。我们获得了来自于γ3、γ1a/b和μ基因的可变区序列以及发现了一种μ基因、五种γ基因、一种α基因和一种ε基因。另外,我们从基因组测序数据中搜索到了7种DH、6种JH基因和μ、γ2a、γ2c、α、ε基因,以及γ3基因的铰链区。  分析重链可变区序列发现 Kozak序列家族相关性很高,系统发育分析双峰驼 VH3家族以及VH4家族与单峰驼对应家族的亲缘关系最为接近。比较VHH和VH家族成员的多样性指数发现VHH存在一个额外的高变区,并且其CDR3的平均长度大于VH。统计影响可变区空间结构的关键位置氨基酸使用情况发现,VHH与VH存在明显不同。利用基因组序列,我们绘制了部分免疫球蛋白基因座位点的图谱。系统发育分析重链恒定区发现其与单峰驼亲缘关系最近,但是双峰驼γ3基因的铰链区与单峰驼对应的γ3基因的铰链区相比存在两个氨基酸的差异,利用PAML分析发现这两个氨基酸属于正选择位点。
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