如何建立和完善区域创新系统是当前摆在我国学术界和各级政府面前的一个重大而紧迫的理论与实践课题。论文试图通过对区域创新系统理论的深入研究以及国内外区域创新系统建设的全面考察，探索合乎中国区域经济与社会发展特征和要求的区域创新系统建设思路和发展模式与政策安排，以及符合区域创新系统内在要求的创新绩效评价方法，力求为完善我国区域创新系统建设提供指导和借鉴，主要完成的工作和取得的创新性成果如下：1．在分析了国内外区域创新系统文献的基础上，指出了我国区域创新系统建设需要进一步研究的问题。从国家创新系统理论和现代区域发展理论两个方面，分别对研究区域创新系统的理论基础进行了深入的分析，为我国区域创新系统的建设模式和政策制定提供了理论支撑和指南。2．针对已有研究在DEA评价指标选取方面较为粗糙、指标单一等问题，提出了将“CSSCI(中国社会科学引文索引)收录论文”、“在校研究生”以及“大中型工业企业新产品销售收入占产品销售收入比重”这3个指标引入区域创新系统评价中，并综合运用多种DEA模型，对我国各地区区域创新系统的绩效进行了评价。研究结果表明，提高创新资源的使用效率是我国各地当前面临的普遍问题，应该引起我国各级政府的高度重视。3．结合前人关于区域创新系统的研究成果和世界各地区域创新系统的建设实践，提出将成功的区域创新系统发展模式归纳为三种主要类型，即基于产业集群的创新系统模式、主动学习型创新系统模式和跨行政区创新系统模式，并研究和总结了各种模式的特点、适用条件和发展政策等问题。在此基础上，比较研究了这些模式的异同点，并提出了我国区域创新系统发展模式选择与建设的基本思路。4．基于《中国区域创新能力报告》的研究成果，提出了一种新的区域创新壁垒分类方法。即将创新壁垒分为知识创造壁垒、知识获取(知识流动)壁垒、企业创新壁垒和创新环境壁垒。在此基础上，提出了“绝对创新壁垒”与“相对创新壁垒”这二个刻画创新壁垒大小的新概念及其计算方法。最后，针对创新壁垒，论文提出了相应的解决办法和措施。5．选取湖南区域创新系统作为案例，深入分析了湖南区域创新系统的建设现状、模式选择及发展策略。湖南区域创新系统发展存在的主要问题是科研经费投入不足、企业总体创新主体地位尚未确立、长株潭一体化进展缓慢、产业聚集和带动能力不强、科研机构改革形势不容乐观以及科技成果转化率低等。在此基础上，提出湖南当前应以选择主动学习型创新系统模式为主并兼顾跨行政区创新系统模式进行建设的思路及其策略。完善湖南区域创新系统建设的策略主要有推进“一点一线”地区率先发展的战略、促进区域间的联系和互动、建设多元化科技创新投融资体系、建立人才支撑体系和培育有利于区域创新的环境等。