随着世界政治经济的快速发展,加快高等教育的发展与改革,创建世界一流大学和高水平研究型大学,成为各国高等教育国际竞争的制高点。现代大学如何选取一种合理的运作方式去应对日益变化的外界环境成为一个值得关注的问题。进行大学内部治理改革,建立科学的治理结构,完善的运行机制,促进大学的健康发展,成为了当下高等教育领域的重大课题。经过长期努力,我国高等教育改革取得了一定成就,高校稳定向前发展,但我国大学内部治理还存在诸多不完善之处,与世界教育强国相比存在较大差距。2004年日本国立大学的“独立行政法人化改革”是日本行政改革在高等教育改革中的具体体现,法人化改革的成果受到广泛认可。我国与日本一衣带水,研究法人化改革后日本国立大学内部治理结构及运行机制对于完善我国公立大学内部治理具有重要的借鉴意义。本文采用文献研究法、案例研究法以及比较研究法,在探究法人化改革后日本国立大学内部治理理念及制度的基础上,对法人化改革后日本国立大学内部治理结构及运行机制进行研究。法人化改革后国立大学形成的三级内部治理组织机构,分为校级、学部级、讲座级。在校级中校长和理事会为决策机构,经营协议会和教育研究评议会为审议咨询机构,事务局负责全校的行政执行工作,此外还有校长选举委员会和监事;学部一级中有学部、研究所、图书馆、事务部等部门,本文主要研究作为学术组织的学部和行政管理组织事务部;第三级为讲座一级,是日本国立大学最小的教学组织单位。运行机制是大学内部各因素之间互相作用的机制,本文中把日本国立大学运行机制分为“以校长为核心的自上而下决策机制”、“学部层面学术独立和自治机制”、“内部权力的监督制约机制”、“和“注重绩效的目标管理机制”四个方面进行撰写。法人化改革后日本国立大学依靠合理的治理结构与规范的运行机制提高了办学效果和整体办学质量、推动国立大学市场化,同时也相应产生诸如教师学术自由受到侵害等问题,日本国立大学法人化改革还需要在不断摸索中完善。法人化改革距今已17年,其先进的治理理念和完善的制度安排作为科学的指导思想和坚实的法律后援,支持着国立大学改革的道路,使国立大学依靠合理的治理结构与规范的运行机制,促进大学的有效运营与教育研究质量的提高。同时我们也应该看到法人化改革改带来的问题,吸取经验教训,在结合当前我国大学内部治理现状的基础上对我国大学治理改革起到一定的借鉴意义。