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肠道微生物在营养物质调控、提高宿主免疫力和肠上皮细胞修复等方面具有重要作用。前人研究发现空肠微生物具有介导仔猪腹泻的能力,并且肠道微生物代谢产物作为代谢反应的信号分子和前体物在宿主体内发挥维持免疫稳态的作用。撒坝猪是云南省“六大名猪之一”,具有肉质好、耐粗饲和抗逆性强等特点。然而,目前对撒坝仔猪肠道微生物的生理功能及其代谢产物报道较少。因此,本研究以撒坝仔猪为研究对象,长白仔猪为对照,分别选取分娩日期相同、均为第三胎的长白和撒坝仔猪各9头,母乳喂养至35日龄屠宰。收集空肠中段食糜进行宏基因组学和非靶向代谢组学技术,通过生物信息学分析预测其生理功能,并将两猪种的种水平差异微生物与主要差异代谢产物进行相关性分析。结果显示:1、基于宏基因组学开展长白和撒坝仔猪空肠食糜微生物组学研究。长白和撒坝仔猪空肠食糜分别获得265446、508930个基因,共有基因数为181390个,其中长白仔猪特有基因数为84056个,撒坝仔猪特有基因数为327540个。Bray Curtis距离的stress值为0.019,表明与长白仔猪相比,撒坝仔猪的肠道菌群存在显著差异。在门水平上,长白和撒坝仔猪均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势菌。长白仔猪厚壁菌门/拟杆菌门比值显著高于撒坝仔猪（P＜0.05）。在属水平上,长白和撒坝仔猪以Veillonella、Lactobacillus为优势菌。撒坝仔猪空肠食糜中的Aminipila、Acetatifactor等7个微生物的相对丰度显著高于长白仔猪（P＜0.05）,而Enterocytozoon、Myoviridae noname的相对丰度显著低于长白仔猪（P＜0.05）。在种水平上,撒坝仔猪空肠食糜中Clostridiales＿bacterium、Firmicutes＿bacterium＿CAG:145等29种显著高于长白仔猪（P＜0.05）,而Enterocytozoon＿hepatopenaei、Enterocytozoon＿bieneusi等31种显著低于长白仔猪（P＜0.05）。长白仔猪空肠显著富集2个门,2个纲,2个目,6个科,11个属,45个种;撒坝仔猪空肠显著富集4个门,8个纲,15个目,22个科,35个属,33个种。撒坝仔猪在L3层级显著富集了2个信号通路,包括其他氨基酸的代谢和外源生物的生物降解和代谢;长白仔猪在L3层级显著富集了3个信号通路,包括脂代谢,细胞群落原核生物和抗药性。在CAZy功能注释中,撒坝仔猪共富集到GH36、CBM45、GH68等5个功能类群,长白仔猪共富集到CBM25、CBM43、PL12等28个功能类群。在eggNOG功能注释中,1UHY6、4ISAK和3FBS3 NOG条目在撒坝仔猪空肠食糜微生物组中相对丰度显著高于长白仔猪（P＜0.05）,而1UZVA、3F4KP和4HH09等33个NOG条目显著低于长白仔猪（P＜0.05）。2、基于非靶向代谢组学技术开展长白和撒坝仔猪空肠食糜代谢物研究。在阴离子模式下,长白仔猪空肠异猪去氧胆酸显著高于撒坝仔猪（P＜0.05）,而牛磺脱氧胆酸、甲壳素、丙氨酰缬氨酸、胸腺嘧啶显著低于撒坝仔猪（P＜0.05）。在阳离子模式下,长白仔猪空肠胆红素、哌可酸、海洛汀8-龙胆二糖苷显著高于撒坝仔猪（P＜0.05）,而2-哌啶酮显著低于撒坝仔猪（P＜0.05）。阴离子模式下胆酸类代谢物占鉴定总含量排名前20代谢物的25%。撒坝仔猪牛磺脱氧胆酸、牛磺酸鹅去氧胆酸盐含量显著高于长白仔猪（P＜0.05）,而脱氧胆酸、异猪去氧胆酸含量显著低于长白仔猪（P＜0.05）。富集差异显著的代谢通路包括色氨酸代谢、泛醌和其他萜类醌的生物合成、脂肪酸代谢、己内酰胺降解、四环素的生物合成、多环芳烃的降解、乙苯降解（P＜0.05,Richfactor＞0.1）。3、运用种水平差异微生物与主要差异代谢物的相关性分析研究。牛磺脱氧胆酸与撒坝仔猪空肠食糜显著富集的Erysipelotrichaceae＿bacterium＿NK3D112、Emergencia＿timonensis的相关系数均为0.89（P＜0.05）。牛磺酸鹅去氧胆酸盐与撒坝仔猪空肠食糜显著富集的Ruminococcaceae＿bacterium的相关系数是0.94（P＜0.05）。牛磺脱氧胆酸、牛磺酸鹅去氧胆酸盐与长白仔猪空肠食糜显著富集的uncultured＿Pseudoflavonifractor＿sp.的相关系数分别是-0.94、-0.77（P＜0.05）。综上结果表明,撒坝仔猪空肠食糜微生物数量高于长白仔猪;Clostridiales＿bacterium、Lachnospiraceae＿bacterium＿A4和Anaerotruncus＿colihominis等免疫功能相关的差异微生物高于长白仔猪;撒坝仔猪下调的代谢物数量高于上调的代谢物,其中胆酸类代谢物数量多于长白仔猪;撒坝仔猪空肠食糜富集的Erysipelotrichaceae＿bacterium＿NK3D112、Emergencia＿timonensis和Ruminococcaceae＿bacterium可能正向调控牛磺脱氧胆酸、牛磺酸鹅去氧胆酸盐的生成。结果为挖掘云南地方猪种丰富的肠道微生物资源奠定理论基础,对理解地方猪种肠道微生物及其代谢产物的关系,促进撒坝猪产业健康发展具有重要意义。