滇南小耳猪是《国家级畜禽遗传资源保护名录》中列入的重要猪品种,是云南省特有优良地方猪品种之一。过去对滇南小耳猪繁殖性状的研究多集中在母猪方面,在公猪方面相对较少,且主要针对DNA和m RNA进行研究,对非编码RNA介导的基因表达调控研究相对匮乏。众所周知,人工授精的普遍应用使公猪的繁殖性状显得尤为重要,研究滇南小耳猪公猪睾丸的m RNA-miRNAlnc RNA转录调控可为其遗传资源的保护及充分利用提供重要指导。本研究以滇南小耳猪（Diannan small-ear pig,DN）为研究对象,用杜洛克猪（Druoc,DU）和大白猪（Large White pig,LW）为对照,采集三品种12月龄公猪睾丸样品,利用RNA-seq及small RNA-seq技术,获得三品种睾丸组织差异表达的m RNA、miRNA和lnc RNA数据,并对差异表达的m RNA、miRNA和lnc RNA的靶基因进行功能注释和通路分析,构建精子发生相关的完整m RNA-miRNA-lnc RNA互作调控网络,取得的主要研究结果如下:（1）RNA-seq共获得68.48 Gb的高质量数据,其中约97%可以比对到猪参考基因组。共鉴定到21,280个m RNAs和1,514个lnc RNAs表达。差异表达分析分别筛选出1,640个差异m RNAs和122个差异lnc RNAs在DN vs.DU和DN vs.LW中共享。差异基因主要注释到c AMP反应、NADP代谢过程、调节STAT蛋白的肽基丝氨酸磷酸化、对金属离子的反应、腺体发育等生物学通路,主要富集在TNF信号通路、Th17细胞分化、类固醇生物合成、PI3K-Akt信号通路、c AMP信号通路等通路过程。差异基因集富集分析显著富集到生殖细胞发育、雄性配子生成、活动纤毛、精子鞭毛、精子细胞发育、精子细胞分化、精子发生等生物学通路。差异lnc RNA经Cis作用预测找到247个靶基因,Trans作用预测到7,468个靶基因。在DN vs.DU、DN vs.LW以及DU vs.LW中,检测到四类差异可变剪切,其中,外显子跳跃所占比率最高。（2）small RNA-seq共获得约10 Gb的高质量单末端原始reads数据,其中约94%的序列能够比对到猪参考基因组。共鉴定到369个已知的miRNAs以及282个新miRNAs表达。差异表达分析共筛选出39个miRNAs在三个品种间差异表达。生物信息学分析显示差异miRNA参与上皮细胞的形态发生、细胞生长、TOR信号、组蛋白修饰等生物学通路,以及参与VEGF信号通路、TNF信号通路、Rap1信号通路、m TOR信号通路、MAPK信号通路等。（3）对差异表达的m RNA、miRNA和lnc RNA进行联合分析并构建完整转录调控网络,获得的关键调控因子包括119个m RNA、27个miRNA和64个lnc RNA。其中ssc-miR-34c能与网络中9个因子存在互作,ssc-miR-107、ssc-miR-185和ssc-miR-378均能够与网络中8个因子互作,ENSSSCG00000043030能与网络中6个因子互作,RAB34能与网络中3个因子互作,这些因子作为互作调控网络中的关键节点,在调控精子发生过程中发挥极其重要的作用。综上,本研究成功获得了滇南小耳猪、杜洛克、大白猪的睾丸m RNA-miRNAlnc RNA转录调控网络,研究结果可为解析滇南小耳猪与杜洛克、大白猪雄性繁殖性状差异原因提供数据资料,获得的睾丸相关重要靶基因、靶miRNA和靶lnc RNA可为进一步通过分子育种技术提升滇南小耳猪公猪繁育性能提供研究方向。