近年来,我国取得的经济成就引人瞩目,随之而来的环境问题也同样突出。于是党的十九大报告指出要毫不动摇地坚持保护环境的基本国策,注重经济发展的同时也要注重环境保护,走绿色发展道路。水污染专项资金绩效审计是环境保护工作的一个重要环节,是促进国家绿色发展理念更好地贯彻落实,不断加强和规范水污染专项资金管理,提高水污染专项资金使用效益的一个重要手段。本文以公共受托责任理论为基础,以可持续发展理论为导向,对水污染专项资金绩效审计进行研究。水资源环境保护监管部门众多,监管部门间难免存在合作治理缺陷,使水污染防治监管在体制、机制等方面存在一些弊端。因此,审计机关在水污染专项资金绩效审计实践中,也应借助其他监管部门的资源,在注重传统“5E”绩效审计的同时,加强与各监管部门合作,引入水污染专业指标,完善水污染专项资金绩效评价体系,进一步加强和改进水污染专项资金政策落实效果,以促进水污染专项资金绩效的整体提升。积极开展水污染专项资金绩效审计,制定科学的审计标准,完善水污染专项资金绩效评价体系,可以在一定程度上监督和管理水污染的治理工作,有利于我国整体水资源环境的改善,促进生态圈的平衡,加快生态文明的建设,实现人与自然和谐相处。本文对X市水污染专项资金绩效审计从审计背景介绍、审计准备阶段、审计实施阶段和审计结束阶段对案例进行介绍。运用比较分析法对审计中存在的问题和原因进行分析研究。总结了审计人员知识结构单一,缺少对水污染防治项目的跟踪审计,过度依赖政府审计,政府各部门监督没有形成合力,缺乏科学的水污染专项资金绩效评价体系等五方面问题。然后针对上述问题,有针对性地提出了一系列建议,例如:审计组增加专业人员,健全完善跟踪审计,加强政府审计、社会审计、内部审计的整合力度,促进多部门协同审计和完善水污染专项资金绩效评价体系。本文利用层次分析法和模糊评价法对X市水污染专项资金绩效评价体系进行完善和改进,经过完善后的绩效评价体系能够准确计算出每一类评价指标的具体得分,为水污染专项资金绩效审计提供更科学的指导。此外将环境审计与绩效审计相结合对政策完成的经济性、效率性和效果性进行评价,在传统的绩效审计“5E”理论基础上,尝试性地提出了审计部门整合其他监管部门资源的水污染协同治理的“5E+P”的理论结构,在传统绩效审计理论基础上注重与水污染专业指标相结合,具有一定前瞻性,也在一定程度上丰富了水污染专项资金绩效审计理论。