白山派与黑山派是明清时期叶尓羌汗国内出现的一股宗教和政治势力，在新疆历史上有着重要的影响和作用。它的出现，极大地改变了新疆地区的政治格局，并成为清代新疆历史上不容忽视的重要的社会力量。白山派与黑山派和卓作为一股巨大的宗教势力和社会力量，给历史上新疆地区的社会稳定、民族关系和经济等方面都带来了严重的影响和危害。白山派与黑山派本是同族、同宗、同教，只是由于所属教派的不同、观点的差异，长期处于对立状态。两派由争夺教权开始逐渐转变为政治斗争，长期的对立斗争是导致其和卓后裔不断发动叛乱造成新疆战乱不止、长期动荡的主要原因之一，由此导演了许多惨痛的悲剧，甚至对于今天的新疆来说，其影响也是深远的。当今国内外学者对白山派与黑山派及其和卓势力的研究是相当丰富的，但涉及到这段历史和政教关系方面的相关研究，大多数只是从历史学、政治学或是经济学的某一角度针对某一方面进行研究，而把白山派与黑山派的斗争看作是一个政治问题，从政教关系的角度研究白山派与黑山派的斗争且对这一历史作进一步研究和总结的较少。文章从政教关系的角度出发，在吸收和借鉴前人研究成果的基础上，对白山派与黑山派之间的对立斗争及其在历史上的影响和作用进行分析，指出两派之间的对立斗争的过程是叶尓羌汗国世俗政权由盛转衰、宗教势力不断膨胀的过程。这种转变是由当时世俗统治者政教不分、过度依赖宗教上层势力所导致的。通过对白山派与黑山派和卓利用宗教干预世俗政权的影响和危害进行分析和总结，指出当前新疆地区在处理政教关系时，必须实行政教分离的宗教原则，坚决打击一切利用宗教从事的分裂犯罪活动,制止非法宗教活动，建立和谐的政教关系。白山派与黑山派之间的斗争及其和卓后裔的叛乱在维护祖国统一、民族团结和经济的发展等方面都起着消极的破坏作用。因此，对于这个历史问题有必要引起重视，特别是在今天，总结这一段历史更有其现实意义。同时，以史为鉴，为当前政府在处理宗教问题方面提供借鉴和参考。