“三农”问题是关系国计民生的根本性问题,党中央和国务院都高度重视。农民专业合作社是一种特殊社会经济组织,在促进农业现代化,提高农民收入,推动新农村建设等方面起到重要推动作用。经过多年发展,农民专业合作社已经成为新型农业经营体系重要组成部分,在推动农村产业改革和集体产权制度改革,提高农村管理效率等方面具有重要作用,也是当前乡村振兴战略实施的一个重要纽带和理想载体。紫金县是山区贫困县,“八山一水一分田”的地貌特征,决定了必须把农业作为主要发展道路,也尤其渴望新的有效组织形式,因此,政府对农民专业合作社的发展给予了大力支持,使其得到了快速的发展,从2007年的12个发展到2018年底的1336个,无论从数量和质量都有所上升,带动农户数量越来越多,在当地精准扶贫、乡村振兴、新农村的建设和农业产业的规模化、产业化和现代化的发展中起到了至关重要的作用。然而,由于过度关注发展,合作社的发展逐渐背离了合作社原则,虽有章程和机构,却未建立健全相应的治理机制,存在合作社相关者对农民专业合作社认知偏低、权力过度集中在核心成员、激励机制缺乏、监督机制失效等问题。为更好的促进紫金县农民专业合作社的发展,本文通过实地调查,详细了解了紫金县农民专业合作社治理情况。在此基础上,选取典型农民专业合作社开展具体研究和分析,从治理结构和治理机制入手,研究紫金县农民专业合作社治理过程中存在的问题,并结合合作社治理的相关理论,从认知、成员、外部环境等角度对其进行了原因分析,认为其主要原因是社员缺乏对农民专业合作社内部治理的监督能力、社员异质、外部环境不完善等原因。农民专业合作社是一种具有双重属性的特殊企业,其发展的又是弱质的农业,如果内部治理不规范、外部又缺乏一个宽松、流畅的发展环境势必会对合作社的发展造成极大的阻碍。因此,根据当前全面实施精准扶贫、乡村振兴等战略环境,和农村青年对农村农业关注度提高等变化,结合新修订的《中华人民共和国农民专业合作社法》,提出农民专业合作社要在增强社员的同质性、完善市场环境及加强政府扶持等方面进行完善,全方面促进紫金县农民专业合作社的可持续发展。