方以智是明末清初最杰出的科学家，他把中国传统科学精神和部分西方科学观念融会贯通，创立了“质测之学”，为中国古代科学向近代科学的转型注入了活力。 方以智一方面继承和发挥了程朱格物说中所含有的外向性的科学理性精神，并以其为指导丰张对自然现象及其规律进行广泛的考察与研究；另一方面，他突破了传统理学的社会伦理道德束缚，将物理与治教区分开来，认为“格物”就是探讨物质世界及其规律的“质测之学”，即所有客观事物都是科学研究的对象。方以智在批判继承中国传统格物致知说的基础上，也对由西方传教士带来的西方科学有分析有批判地加以改造吸收，从而形成了其独特的科学观。其基本内容有：第一，世间的一切学术活动划分为二类，即“物理”、“宰理”、“至理”。“宰理”主要研究社会伦理道德及政治学等，类似今天的社会科学：“物理”是指质测之学，主要研究事物属性及矛盾变化规律，类似今天的自然科学和应用科学；“至理”是指“通几”，研究世界万事万物最根本最普遍规律的，类似今天的哲学。认为质测之学与通几之学即科学与哲学有着密切的关系，哲学要以自然科学为摹础，自然科学是哲学的来源和根基。第二，科学研究的怀疑实证观。认为怀疑精神是科学发展的重要推动力，是科学精神的精髓，科学研究始于对已知结论的怀疑，怀疑是科学研究的必要条件。第三，数量化科学观。认为自然界是由“度数”构成的，度数规定着事物运动变化的规律，天地间的一切变化都是“数为之也”，并力图由“数”达“理”，对自然界进行数学关系的描述，最终达到一个“自然哲学之数学原理”的演绎体系。第四，认为世界是可知的，科学认识的客体是客观物质世界及其内在的本质和规律，认识的机制是“心物交格”，科学认识的最终目的是“以知还物”，去改造世界。第五，具有近代意义的科学研究方法。提倡归纳和演绎相结合的科学研究方法，开创了“由数达理”和注重实验的科学研究之路，使中国传统科学具有近代科学的启蒙因了，初步实现了中西科学观念的结合。第六，开放会通观。认为科学研究应该是开放的，只有这样才能兼收并蓄，博采众长，更好地促进科学的发展。 方以智的科学观在一定程度上改变了人们传统的实学观念，推动了清代实学风潮的涌起，同时也为中国古代科学脱离自然哲学形态向近代实验科学转化提供了思想认识上的准备和条件。但方以智的科学观也具有局限性：质测之学是为哲学服务的，不纯粹是为科学而科学；重视实验和观测在科学研究中的基础性地位，但其实验不具有受控性和可操作性；提出了自然之数学和谐观与数量化的知识观，但始终没有把这种思想转化为科学实践中具体的数学方法，更没有实现实验与数学方法的真正结合，仅仅停留在对自然和知识进行数学描述的水平上；以中国传统哲学中的辩证逻辑和缘数理论作为科学研究的方法论基础，把科学看作是象数易学的引申，从而阻碍了形式逻辑在科学研究中的运用，进而在一定程度上延缓了中国古代科学向近代实验科学转化的步伐。总体上说，方以智的质测之学仍未完全脱离自然哲学形态，与古代科学一样，具有直观性、猜测性和思辨性。 方以智之所以具有这种科学观，其根源完全在于中国传统哲学。他坚信象数易学理论，认为科学是象数易学的引申，并主张“西学中源”说，认为所有西学(包括人文科学和自然科学)都能从中国传统文化中找到其根基。通过分析其科技著作，我们发现，唯物主义的气本原论和辩证法是方以智科学观的哲学基础。