环状RNA和信使RNA在慢性阻塞性肺疾病病人中的差异性表达和功能预测分析的研究

来源 :昆明医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:huanghong198122
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[目的]慢性阻塞性肺疾病是一种不可逆转的进行性肺疾病,目前的指导方针和治疗措施只侧重于疾病的治疗和降低恶化率。因此,研究COPD的分子机制对于COPD的早期筛查、检测和治疗具有重要意义。近年来,环状RNA已被证明是某些疾病的新兴诊断生物标志物和治疗靶标。我们的研究旨在通过使用高通量测序和功能富集分析来研究外周血单核细胞中环状RNA和mRNA的差异表达,并进一步确立其作为慢性阻塞性肺疾病诊断生物标志物的潜在作用。[方法]本研究前瞻性地收集了 10份人类血液样本,其中5份为COPD患者组,5份为健康对照组。此外,利用高通量测序和生物信息学方法,包括差异基因分析、靶基因预测、GO功能富集分析、KEGG途径富集分析、蛋白质相互作用分析,分析了外周血单个核细胞(PBMCs)中circRNAs的表达,小分子药物预测等,以确定其对COPD的诊断价值。用limma软件包对差异表达的rna(DE-RNAs)进行分析。此外,利用miRanda网络预测了人circRNA-miRNA的调控关系。在基于TargetScan和miRanda的miRNA靶向circRNA和所有miRNA靶向基因鉴定的基础上,构建了 circRNA-miRNA-mRNA 的 ceRNA 网络。[结果]1)COPD组和对照组的五名参与者是年龄相近的男性(50-80岁),他们都有吸烟史,烟龄超过30岁。对照组五名参与者的FEV1/FVC>70%;COPD组中五名参与者的 FEV1/FVC<70%。2)根据P<0.05和log2foldchange>1的标准,在COPD中筛选出1 14个差异表达的circRNA(57个上调,57个下调)和58个显着差异表达的mRNA(21个上调,37个下调)。3)对DEmRNA的GO和KEGG功能富集分析结果表明,GO分析主要富集在生长激素受体信号传导途径的负调控,白介素2结合,RNA依赖性ATPase活性,对去甲肾上腺素的反应,对正肾上腺素的正调控内源性脱氧核糖核酸酶活性,白介素18产生的正向调节,高压门控钙通道活性的负向调节,白介素5分泌的正向调节,NLRP3炎性小体复合物装配的正调控等;KEGG分析主要富集在KEGG分析主要富集在PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、Toll样受体信号通路、Wnt信号通路、产生IgA的肠道免疫网络。这些途径对COPD有潜在重要性。4)根据测序结果中DEmRNAs PPI的分析,核心基因有MYO16、MYL4、SCN4A、NRCAM、HMCN1、MYOM2、IQSEC3。5)cMAP中小分子药物的预测结果表明,甲内啡肽,抗坏血酸,嘌呤霉素,卡那万碱和林可霉素可能是导致COPD的潜在药物。6)在circRNA-miRNA-mRNA调节网络中包含有60个差异表达的circRNA(23个上调,37个下调),39个miRNA(28个上调,10个下调)和13个差异表达的mRNA(5个上调,8个下调)。[结论]本研究表明,COPD患者PBMC中存在表达差异的circRNA和mRNA,这些circRNA可能是COPD患者的前瞻性诊断生物标志物和治疗靶标。
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