【摘 要】
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目的 了解中国东北地区HIV/AIDS患者tat第一外显子的基因序列及其二级结构的特征和变异特点,探讨其与HIV-1感染者疾病进展之间的关系。 方法 收集我国东北地区HIV感
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目的 了解中国东北地区HIV/AIDS患者tat第一外显子的基因序列及其二级结构的特征和变异特点,探讨其与HIV-1感染者疾病进展之间的关系。 方法 收集我国东北地区HIV感染者的流行病学资料,临床资料及全血标本-80℃保存。HIV-1 tat基因第一外显子基因序列测定:Qiaquick Spin kit从全血标本中提取基因组DNA(含有整合的HIV-1前病毒DNA),提取的DNA以tat调节基因区特异性引物NP7/ENV-1为外侧引物进行第一轮PCR扩增,以tat-B/NP11为内侧引物进行nested-PCR扩增。1%琼脂糖凝胶电泳检测目的扩增片断,与分子量Marker对比无误后切取该片断。QIAquick Gel Extraction Kit回收目的DNA片断。LI-COR Global IR2 Sys-tem测序仪进行基因序列测定。不同疾病进展阶段的HIV-1感染者体内HIV-1核苷酸及氨基酸序列特征分析:按不同疾病进展阶段对我国HIV-1感染者进行分组。使用BIOEDIT软件包中CLASTAL W程序进行序列排列比对、生成共享序列,并在核苷酸序列中人工引入gaps以保持翻译完整性。以NNPRIDICT程序(http://ncbi.nlm.nih.gov)预测我们测得的Tat区第一外显子氨基酸序列的二级结构,并进行分组比对。以PHYLIP软件包中NEIGHBOR程序生成系统进化树(neighbor-joining algorithm)。统计tat调节基因区第一外显子核苷酸及氨基酸突变位置和种类,并检索HIV Se-quence Database,与国内外HIV流行株序列进行比较,结合CD4计数资料分析HIV-1基因突变与疾病进展程度之间的关系。
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