【摘 要】
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冠状病毒的宿主范围较广,在人类中可引起大流行。γ属和δ属冠状病毒的自然宿主被认为是野生鸟类,这些冠状病毒可在不同地区、不同物种的野生鸟类中广泛分布。迁徙鸟类作为全球各地联系的纽带与信使,可能对冠状病毒的种间和种内传播起到重要作用。但是目前由于全球缺乏对于野生鸟类冠状病毒的系统性监测,对冠状病毒的检测方法、病毒生态学、病毒多样性及冠状病毒与宿主之间的关系等方面的研究还有待于进一步完善。上海市处于长江
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冠状病毒的宿主范围较广,在人类中可引起大流行。γ属和δ属冠状病毒的自然宿主被认为是野生鸟类,这些冠状病毒可在不同地区、不同物种的野生鸟类中广泛分布。迁徙鸟类作为全球各地联系的纽带与信使,可能对冠状病毒的种间和种内传播起到重要作用。但是目前由于全球缺乏对于野生鸟类冠状病毒的系统性监测,对冠状病毒的检测方法、病毒生态学、病毒多样性及冠状病毒与宿主之间的关系等方面的研究还有待于进一步完善。上海市处于长江入海口,湿地资源丰富,为多种野生鸟类提供了良好的栖息地环境。此外,上海又在东亚-澳大利亚候鸟迁徙路线上,是多种迁徙鸟类的中转站和越冬地,野生鸟类物种多样性较高。鉴于野生鸟类在冠状病毒生态学及流行病学研究中的重要地位,本研究建立了一种灵敏、特异、可直接用于野鸟冠状病毒检测的分子生物学方法,应用该方法检测了2019-2021年上海地区野鸟冠状病毒,分析了病毒生态学特点及流行情况,主要结果如下:（1）本研究通过筛选已发表文献的分子检测方法,并参考数据库中的基因序列,对禽源冠状病毒的扩增引物进行优化设计,最终建立了特异、灵敏、可直接应用于野生鸟类临床样本检测的巢式RT-PCR检测方法,可以同时检测γ和δ属冠状病毒。（2）于2019-2021年共采集野鸟样本3344只次,5284份。冠状病毒阳性样本为225只次,阳性率为6.7%。其中,拭子样本中的阳性率＞组织＞环境样本,γ属冠状病毒阳性率显著高于δ属。冠状病毒时间分布范围较广,一年四季流行,但秋冬季为流行高峰期。阳性物种分布在6种鸻形目、10种雁形目、2种鹈形目及1种鸽形目中。其中雁形目的阳性率最高（16.1%）,鸻形目最低（2.2%）。本研究首次在雁形目物种鸳鸯、红头潜鸭、罗纹鸭、赤膀鸭;鸻形目物种阔嘴鹬、红脚鹬、大滨鹬;鸽形目物种火斑鸠中检测到冠状病毒。一些物种也可能具有病毒亚型偏好性,如雁形目和鸻形目中同时具有两类病毒,而鹈形目及鸽形目中只存在δ属冠状病毒。（3）γ属冠状病毒同源性及系统发育分析发现,183株病毒主要分布3个不同的分支中,即Avian coronavirus 9203、Goose coronavirus CB17和DCUK 2714分支。其中,来自绿翅鸭的一株γ属冠状病毒与家禽IBV病毒株同源性较高,可能发生了家禽到野生鸟类的传播;另一株来自绿头鸭的病毒不同于IBV和其它野鸟源冠状病毒,属于鹅冠状病毒支系;剩余的181株γ属冠状病毒均属于DUCK 2714支系,分布在6个不同的分支中,与大量野鸟源γ属冠状病毒聚集在一起,无明显的时间地理规律。（4）δ属冠状病毒分子进化分析发现,δ属冠状病毒多样性高,36株毒株分别属于δ属六个不同分支。本研究中鹭科的5株冠状病毒及一份环境样本中的冠状病毒属于2011年香港夜鹭冠状病毒HKU19分支;雁形目的6株δ属冠状病毒和一株鸳鸯毒株分别属于赤颈鸭冠状病毒HKU20支系和普通水鸡冠状病毒HKU21分支;另外14株雁形目毒株组成新野鸟源冠状病毒小分支II;鹬科的8株毒株与美国、澳大利亚等地同样来自鹬科的δ属冠状病毒亲缘关系较近;一份环境样本中发现的δ属冠状病毒属于麻雀和猪冠状病毒支系,但与麻雀冠状病毒更为相似,应密切关注其向哺乳动物传播的可能性。由此可见,禽源冠状病毒在上海地区的野鸟中广泛存在,涉及物种范围广,病毒基因多样性高,并具有宿主种间和种内传播的潜在可能性。为更好的了解上海市野生鸟类中冠状病毒的生态学及流行病学特性,阐明野鸟在冠状病毒传播中的作用,应持续监测该地区不同物种的野鸟携带冠状病毒的流行情况。
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