论文部分内容阅读
虎纹蛙病毒(TFV)是使养殖虎纹蛙蝌蚪发病致死的主要病原，属于虹彩病毒科、蛙病毒属。TFV是虹彩病毒科蛙病毒属中第一个完成基因组全序列测定的病毒。首先使用网上提供的SMART蛋白结构域分析工具，将TFV105个ORF编码的蛋白序列与其数据库进行结构域搜索比对。共有77个ORF的蛋白产物有已知结构域，其中有27个ORF编码产物与多种已知功能蛋白的结构域相似。这些蛋白产物包括：(1)与DNA复制、修饰、和加工有关的，如胞嘧啶DNA甲基转移酶、DNA聚合酶、解旋酶、DNA修复蛋白和类痘病毒D5蛋白；(2)与DNA转录有关的，如依赖DNA的RNA聚合酶大亚基、依赖DNA的RNA聚合酶二亚基、核糖核酸酶Ⅲ、转录延伸因子ⅡS和高迁移率族蛋白质；(3)与核酸代谢有关的，如核苷二磷酸还原酶大亚基、核苷二磷酸还原酶小亚基、胸苷酸合成酶和脱氧尿嘧啶核苷三磷酸酶；(4)与蛋白质合成有关的，如翻译起始因子2α亚基；(5)与病毒和宿主相互作用有关的，如3β羟固醇氧化还原酶、肝再生增强因子和脂多糖诱导肿瘤坏死因子α因子。(6)病毒结构蛋白，如主衣壳蛋白；(7)还有ATP酶、蛋白激酶、假定的脂多糖修饰酶、磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶、脂蛋白和磷蛋白复合物等。使用RT-PCR的方法，检测TFV感染FHM细胞后不同时间点105个ORF的表达情况并分析了mRNA的表达水平。其中，105个TFV的ORF中有95个可以被RT-PCR检测到，表明这些ORF在TFV增殖过程中被转录了。根据各基因的转录情况，将TFV中可被检测的95个ORF分成极早期基因23个、滞早期基因40个和晚期基因32个。再通过聚类分析，对获得的表达谱数据进行分类。聚类分析的结果是95个ORF被分成7大类。对TFV全基因组序列的生物信息学分析和对TFV的ORF进行全面的表达谱分析的结果，为今后具体进行的功能基因研究打下基础和指明研究方向。