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我国是一个传统的农业大国,自从有史记载以来,水牛一直是传统农业不可分割的一部分。我国水牛有着7000多年的驯化和选择历史,在分类学上属于沼泽型水牛,水牛数量居世界第三位,具有丰富的遗传资源。主要分布于北纬36°以南,东经97°以东的广大地区。由于对我国地方水牛类群的遗传多样性及遗传特性缺乏全面和系统的认识,其利用方式往往只限于作为母本,用外来品种作为父本进行杂交改良,导致我国某些地方水牛类群的遗传多样性逐渐下降、甚至出现某些类群的遗传资源已近灭绝。但对我国水牛的起源进化及遗传多样性研究还不够全面和深入,为了更好的保护和利用我国珍贵的地方水牛类群的遗传资源,本研究对我国13个水牛类群共270个个体的mtDNA Cytb基因全序列以及来自Genbank的17条中国水牛Cytb全序列,共287条中国水牛Cytb基因全序列进行遗传多样性统计分析,研究中国水牛的母系起源、类群之间的系统进化关系,得到如下结果:1.中国13个水牛类群287个个体的mtDNA Cytb基因全序列长度均为1140bp,由T、C、A、G四种碱基组成,A碱基使用频率最高(31.0%),C次之(30.0 % ),T居第三位(25.0%),G最低,仅为14.0%。A+T的平均含量为56.0%,G+C的平均含量为44.0%,A+T含量明显高于G+C含量,表现出碱基的偏倚性。2.检测到53个核苷酸多态位点定义了36种单倍型,核苷酸多态位点约占所测核苷酸总长的4.56%,其中49个转换,4个颠换,显示出碱基替换有明显的偏倚。其单倍型多样度(H)为0.667±0.030;核苷酸多样度(π值)为0.0051±0.0018,表明中国水牛具有比较丰富的遗传多样性。3.mtDNA Cytb序列的NJ系统发育树和网络分析表明,中国沼泽型水牛具有两大支系,即支系A和支系B,支持中国水牛有2个母系起源的观点。同时在中国水牛群体中检测到江河型水牛14个个体,其为中国水牛与江河型水牛的杂交后代。4.我国13个水牛地方类群间没有明显的地理结构和群体结构,出现了多个类群共享单倍型的现象。中国水牛各类群间都包含有两个主要的母系起源支系,类群间遗传分化不明显,但是,类群间、支系间的遗传多样性指数有显著差异,同时支系B的分化程度相比支系A较大,为较为古老的一支。5.发现中国水牛有2种终止密码子AGA和AGG,AGG为中国沼泽型水牛支系B所特有。AGG是中国沼泽型水牛支系B的一个显著而独特的特征。