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蛋白质结构是生物信息学的重要研究问题之一，尤其是研究怎样从已测得的一级结构和α-螺旋，β-折叠等部件线性构成的二级结构得出空间结构.本文从Dill的理论，疏水力是蛋白质折叠的主要原因出发，利用HP模型的观点，探索蛋白质β-折叠片断之疏水力强度及配对关系，希望通过这些研究对在一级和二级结构基础上得到空间结构有所帮助。本文首先利用在数据库中统计的结果分别赋给20个氨基酸表现其疏水力强度的值，称之为亲和力。接着发现蛋白质一级序列对应的亲和力序列在做四项移动平均后与蛋白质的二级结构对应最好，因为此时它们的Fisher相关系数最大.在此基础上对蛋白质的每条折叠片断就可以分别得到亲和力序列，配对得分序列，以及自由能序列.最后本文尝试在已知二级结构的基础上，找出得到蛋白质折叠片断之间相互配对关系的方法，对casp3-4中的52个蛋白质进行了分析和检验，并提出了一些改进的方向.