论文部分内容阅读
目的:
1研究1999-2010年浙江省麻疹流行株F基因的变异规律和进化特征。
2应用生物信息学软件对麻疹流行株和疫苗株F基因的抗原表位进行预测和筛选,选取二者有差异的抗原表位合成多肤,研究F基因抗原表位上氨基酸的变异对抗原性的影响。
方法:
选择浙江省疾病预防控制中心于1999-2010年麻疹疫情中分离保存的麻疹流行代表株11株,采用逆转录聚合酶链反应扩增F基因全序列,序列测定后,与我国目前使用的麻疹疫苗株沪191及其它相关毒株进行比较分析。采用生物信息学软件对流行株和疫苗株的F基因进行抗原表位预测,合成多肤。采用间接酶联免疫吸附试验(ELISA)证实该对多肤的免疫原性,并用该对多肤免疫Balb/c小鼠,制备免疫血清。采用交叉ELISA法检测二者间的抗体滴度,计算抗原比。
结果:
1浙江省麻疹流行株F基因变异分析(1)核昔酸和氨基酸变异分析:11株浙江流行株与疫苗株沪191相比,其中核昔酸差异率最大的是2010年流行株,为5.17%;氨基酸差异率最大的分别是2005,2007,2009,2010年流行株,它们与疫苗株之间在F基因上的差异率均为3.44%。
(2)氨基酸变异位点分析:以疫苗株沪191为参考株,浙江省麻疹流行株F基因存在11个氨基酸共同变异位点。其中裂解位点上的第108位、110位氨基酸均存在变异。而F基因己知的3个重要融合功能位点,第32、64和195位氨基酸未发生改变。
(3)F基因进化分析:疫苗株沪191所属的A基因型与浙江株所属的H基因型之间的遗传距离最大,达到0.046,远高于A基因型与B、D基因型之间的遗传距离。在F基因的系统进化树上,A基因型与H基因型也分别位于不同分支,距离较远。从F基因的孀值分析,F基因上存在3个易突变位点,分别为第1位、第152位和第174位,其中情值最大的是第152位氨基酸,其余位点相对保守。F基因未受到明显的正向选择压力,dn/ds二0.1467<1。分析进化率得出:F基因核昔酸进化率有逐年增快的趋势,目前己达到5.73%。
2抗原表位预测及抗原性分析
(1)抗原表位预测:疫苗株与流行株的共同抗原表位有5个,分别为第25~38,102~116,266~280,420~449,478~485位氨基酸。选取第420~449位氨基酸进行多肤的合成。
(2)抗原性分析:两条多肤均具有与麻疹IgG阳性血洁的结合能力,具有较好的免疫原性。通过交叉ELISA试验得出,多月太间的抗原比为2.828,二者间有明显的抗原差异。
结论:
1、浙江省麻疹流行株与疫苗株之间在F基因上己存在一定的差异,但还未受到明显的正向压力,其变异属于随机漂移。
2、F基因的抗原表位上,流行株部分氨基酸的变异己造成了病毒抗原性的改变,提示这可能也是影响当前疫苗免疫效果的原因之一。
1研究1999-2010年浙江省麻疹流行株F基因的变异规律和进化特征。
2应用生物信息学软件对麻疹流行株和疫苗株F基因的抗原表位进行预测和筛选,选取二者有差异的抗原表位合成多肤,研究F基因抗原表位上氨基酸的变异对抗原性的影响。
方法:
选择浙江省疾病预防控制中心于1999-2010年麻疹疫情中分离保存的麻疹流行代表株11株,采用逆转录聚合酶链反应扩增F基因全序列,序列测定后,与我国目前使用的麻疹疫苗株沪191及其它相关毒株进行比较分析。采用生物信息学软件对流行株和疫苗株的F基因进行抗原表位预测,合成多肤。采用间接酶联免疫吸附试验(ELISA)证实该对多肤的免疫原性,并用该对多肤免疫Balb/c小鼠,制备免疫血清。采用交叉ELISA法检测二者间的抗体滴度,计算抗原比。
结果:
1浙江省麻疹流行株F基因变异分析(1)核昔酸和氨基酸变异分析:11株浙江流行株与疫苗株沪191相比,其中核昔酸差异率最大的是2010年流行株,为5.17%;氨基酸差异率最大的分别是2005,2007,2009,2010年流行株,它们与疫苗株之间在F基因上的差异率均为3.44%。
(2)氨基酸变异位点分析:以疫苗株沪191为参考株,浙江省麻疹流行株F基因存在11个氨基酸共同变异位点。其中裂解位点上的第108位、110位氨基酸均存在变异。而F基因己知的3个重要融合功能位点,第32、64和195位氨基酸未发生改变。
(3)F基因进化分析:疫苗株沪191所属的A基因型与浙江株所属的H基因型之间的遗传距离最大,达到0.046,远高于A基因型与B、D基因型之间的遗传距离。在F基因的系统进化树上,A基因型与H基因型也分别位于不同分支,距离较远。从F基因的孀值分析,F基因上存在3个易突变位点,分别为第1位、第152位和第174位,其中情值最大的是第152位氨基酸,其余位点相对保守。F基因未受到明显的正向选择压力,dn/ds二0.1467<1。分析进化率得出:F基因核昔酸进化率有逐年增快的趋势,目前己达到5.73%。
2抗原表位预测及抗原性分析
(1)抗原表位预测:疫苗株与流行株的共同抗原表位有5个,分别为第25~38,102~116,266~280,420~449,478~485位氨基酸。选取第420~449位氨基酸进行多肤的合成。
(2)抗原性分析:两条多肤均具有与麻疹IgG阳性血洁的结合能力,具有较好的免疫原性。通过交叉ELISA试验得出,多月太间的抗原比为2.828,二者间有明显的抗原差异。
结论:
1、浙江省麻疹流行株与疫苗株之间在F基因上己存在一定的差异,但还未受到明显的正向压力,其变异属于随机漂移。
2、F基因的抗原表位上,流行株部分氨基酸的变异己造成了病毒抗原性的改变,提示这可能也是影响当前疫苗免疫效果的原因之一。