针对中国甘南青藏高原边缘区代表性道地药材桃儿七(Sinopodophyllum hexandrum(Royle)Ying)和山莨菪(Anisodustanguticus(Maxim.)Pascher)进行遗传多样性分析。桃儿七(Sionpodophyllum hexandrum(Royle)Ying)是一种较常用藏药,同时也是中国珍稀的药用植物,属于濒危种群,是国家Ⅱ级保护植物。山莨菪(Anisodustanguticus(Maxim.)Pascher)是多年生宿根草本,别名樟柳参、藏茄,樟柳(青海),也是我国较常用藏药之一,列为国家Ⅱ级保护植物,是具有生物多样性国际意义的保护物种。本研究通过对桃儿七和山莨菪的野生遗传资源进行采集,并提取基因组DNA,进行ISSR引物筛选与扩增体系建立优化,通过优化的ISSR-PCR反应体系对桃儿七和山莨菪进行分子标记实验,以期对桃儿七和山莨菪两种濒危野生药用植物进行遗传多样性研究,分析其野生居群的遗传多样性,从而对桃儿七和山莨菪的物种保护及可持续利用提出相关建议。主要研究结果如下:(1)ISSR-PCR反应体系的优化。使用正交设计辅以单因素试验对ISSR-PCR反应体系进行优化,结果表明:桃儿七ISSR-PCR反应的最佳体系为(25μL):2.5mmol/LMg2+,0.2mol/LdNTP,0.4μmol/L 引物,0.5UTaqDNA 聚合酶,40ngDNA,2.5μL10×Buffer。山莨菪 ISSR-PCR反应的最佳体系(25 μL)为 3.0mmol/LMg2+,0.2mol/LdNTP,0.4 μmol/L 引物,0.5μTaq DNA 聚合酶,40ngDNA,2.5 μL10×buffer。该体系具有高稳定性,多态性丰富的特点。(2)桃儿七居群遗传多样性分析。采用ISSR分子标记技术,以11条引物对153份桃儿七DNA样本进行扩增,共扩增出155条条带,均具有多态性,平均多态性位点百分率为99.2%。13个野生桃儿七居群的总基因多样性(Ht)为0.3227,种群内遗传多样性(Hs)为0.2101,表明其遗传多样性来自于居群之间。基因分化系数(Gst)为0.3489,发生在种间的遗传分化为34.89%,则剩下65.11%的遗传分化于桃儿七的居群内发生,居群内的遗传分化明显比居群之间的分化要大。基因流(Nm)=0.9331,表明种群内的基因流十分丰富。结果表明:13个野生桃儿七居群间具有较高的遗传多样性,各居群间遗传距离与地理距离无相关关系,甘肃,青海桃儿七居群间存在较高多态性,物种遗传多样性较为丰富。(3)山莨菪居群遗传多样性分析。采用ISSR分子标记技术,以10条引物对127份山莨菪材料进行扩增,共扩增出131条条带,均具有多态性,平均多态性位点百分率为99.2%。11个野生山莨菪居群平均多态性位点百分率(PPB)59.54%;Nei’s遗传多样性指数(H)为0.2204,Shannon信息指数(I)为0.3254;遗传距离变化范围0.0733～0.3062;Mantel检验P=0.002。结果表明:11个野生山莨菪居群间具有较高的遗传多样性,各居群间遗传距离与地理距离显著相关,甘肃,青海山莨菪居群间存在较高多态性,物种遗传多样性较为丰富。(4)综合遗传多样性分析结果,提出了针对桃儿七野生遗传资源,除了主要采取就地保护策略保障其原始居群的遗传多样性外,适当对不同地区桃儿七种质资源进行迁地保护,维持其基因流的稳定性,以2号甘肃碌曲县则岔石林居群作为原位核心保护地,3号甘肃岷县麻子川乡瓦沟沟居群和7号甘肃榆中县兴隆山西山居群着重观察和检测,尽量保护桃儿七的所有遗传资源。针对山莨菪野生遗传资源,采取就地保护策略,保障其原始居群的遗传多样性,同时采用不同地区山莨菪种质资源进行迁地保护,突破地理隔离(包括河流、山脉及人为的公路和沟渠等)阻碍居群间基因交流的因素,保证基因的流动。