随着国家财政对科研经费投入的不断增加,高校科研经费呈大幅增长趋势,成为学校重要资金来源之一。高校科研经费管理经历了从小到大、从粗放到精细,实行统一管理、集中核算的管理模式。但从近年来监督检查、社会公众反映情况看,高校科研经费使用过程中存在的问题突显,少数高校科研经费内部控制存在一定缺陷,导致科研经费管理使用出现违法违纪行为。财政部、科技部、教育部等陆续发布了关于加强行政事业单位内部控制、高等学校财务制度、科研经费监督管理等相关文件,加强高校科研经费内部控制建设成为当前热点话题。文章运用内部控制理论对高校科研经费内部控制目标、原则、要素进行分析,剖析内部控制过程中的风险控制措施。运用委托代理理论,分析与高校科研经费委托、使用、管理相关人员之间的关系,探讨内部控制的搏弈过程。运用预算管理理论,对作为高校科研经费内部控制起点的预算管理进行分析,包括预算编制方法、开支范围、管理流程等。高等农业院校,是高校的一个组成部分,作为一个分支,主要面向“三农”,从事农业人才培养、科学研究、社会服务。本文针对当前高校科研经费管理中呈现的各种问题,结合农业院校的特点,对高等农业院校科研活动及科研经费运行特征进行分析,对H高等农业院校科研经费内部控制进行案例分析。根据科研经费内部控制五要素设计调查问卷,在农业院校范围内开展调研。针对科研经费内部控制影响因素繁多、因素之间关系错综复杂,及高等农业院校调查样本量范围有限等特点,文章运用灰色关联分析理论建立评价模型,对内部控制各因素进行量化比较分析,按关联度大小分成三类指标。根据模型分析结果,提出加强高等农业院校科研经费内部控制建议：健全科研经费管理机构职责,强化预算管理职责,强化风险分析评估,加强学习宣传培训；加强科研经费内部控制制度建设,探索间接成本补偿机制,探索绩效考核评价机制,探索科研经费管理奖惩机制,探索建立信息披露制度；加强授权审批与不相容职务分离实质性控制；加强内部监督与审计。