目的:新生儿坏死性小肠结肠炎（necrotizing enterocolitis,NEC）是新生儿期消化道急症,重症NEC死亡率高,即使存活大多需要行手术治疗,预后不佳,会对新生儿造成终身影响。本文旨在探讨通过宏基因组测序手段对比重症NEC患儿与非NEC对照组患儿差异菌群及代谢途径,为重症NEC患儿的诊断及治疗提供临床思路。研究方法:本文通过前瞻性病例对照研究,探索2020年9月-2021年9月深圳市儿童医院就诊,经手术治疗的NECⅢ期重症患儿（n=10）及非NEC对照组患儿（n=10）肠道菌群特征,其中NEC患儿根据病情严重程度及预后分为死亡组（NEC 1;n=4）及重症手术组（NEC 2;n=6）,借助Illumina Mi Seq平台采用宏基因组测序手段,探究肠道菌群及代谢途径的特点。结果:NEC组与对照组患儿菌群整体情况为门水平以变形菌门、厚壁菌门、放线菌门及拟杆菌门为主,其中NEC组患儿菌群相对丰度减低,菌群以变形菌门为主,厚壁菌门相对丰度较非NEC组升高;种水平中NEC组患儿菌种多样性较对照组明显丰富,其中包含大肠埃希菌、粪肠球菌、产气夹膜梭菌、产气克雷伯菌、肺炎克雷伯菌等条件致病菌。经偏最小二乘法分析得两组菌群多样性差异明显。通过京都基因和基因组百科全书对代谢功能比对分析提示,NEC组代谢途径相对紊乱,如因NEC肠道损伤造成色氨酸代谢减低等。死亡组与重症手术组NEC患儿菌种差异明显,死亡组以大肠埃希菌、产气克雷伯菌等为主要菌种,二者为NEC及败血症常见致病菌。结论:1.NEC的发生并不是单一菌群或菌种导致,可能与整体菌群的紊乱相关,多种条件致病菌滋生可能导致NEC发生,并致使患儿病情加重甚至死亡。2.菌群代谢途径紊乱影响NEC患儿肠道环境的稳定,可能是加重NEC患儿疾病进程的原因。