改革开放以来,经济全球化的发展不断深入,人类社会正在迈向一个以创新为灵魂,高科技为支撑的全新时代。创新能力作为企业、社会和国家持续发展的基础,一定程度上决定了地区经济发展速度的和质量。我国人口众多,正处于发展期,创新资源相对有限,提高资源的利用率可以有效缓解我国资源匮乏带来的压力。另外,绿色经济浪潮席卷全球,经济高速增长带来的环境问题十分严重,面对能源约束、环境污染以及世界金融危机对整个经济结构的影响,我国区域创新必须走以节能环保和创新驱动为基础的绿色增长模式。本文将中国30个省(市、区)作为研究对象,通过对创新理论、价值链理论以及数据包络分析(DEA)相关理论和方法的学习,基于创新价值链的视角将我国区域创新系统细分为三个相互联系的子阶段(知识、研发、产品创新阶段)。同时把能源与环境因素纳入研究框架中,针对不同阶段的特点构建相关指标体系,以基于松弛变量的网络DEA模型(Network Slack Based Model,NSBM)作为研究基础,测算我国2009-2013年的绿色创新效率及不同阶段的效率,分别从横向区域差异和纵向动态演变两个方面来考察我国区域绿色创新效率状况。通过将创新过程细化,进而寻求造成绿色创新效率低下的具体环节,并运用系统协调发展模型,探索比较三个子阶段的协调发展情况。之后,通过构造阶段效率二维矩阵散点图,提出区域阶段效率优化路径,并针对各个创新阶段存在的问题提出相关建议。研究结果发现,无论哪一阶段的效率,均呈现明显的区域差异,即呈由东向西逐渐递减的趋势。我国环境污染指数从2009年的1.8下降至2013年的1.0,可见,近几年我国在环境治理方面成绩显著。绿色创新效率整体水平不高,西部地区表现最为不佳。北京、江苏、海南、上海、浙江、福建、湖北和湖南这些省市处于非常协调的范围,全国有14个省(市、区)处于弱协调水平,占整个国家的46.7%。从时间趋势上看,知识创新阶段和研发创新阶段的效率值都有明显的增长趋势,产品创新阶段的效率值出现先下降后缓慢增长的态势。考虑能源与污染的NSBM模型得到的创新效率更符合实际,分阶段考察整体创新活动也更加立体与科学。