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目的:观察清化肠饮（Qing Hua Chang Yin,QHCY）干预对葡聚糖硫酸钠（Dextran sulfate sodium,DSS）诱导的小鼠慢性溃疡性结肠炎的影响,并通过RNA测序探讨QHCY治疗慢性溃疡性结肠炎的作用机制。方法:将C57BL/6雄性小鼠随机分为对照组（Control）、模型组（DSS）、美沙拉嗪组（DSS+Mesalazine）和QHCY低剂量组（DSS+QHCY-L）、QHCY中剂量组（DSS+QHCY-M）、QHCY高剂量组（DSS+QHCY-H）,每组6只。采用2%DSS诱导慢性溃疡性结肠炎小鼠模型。Control组和DSS组小鼠给予蒸馏水灌胃,药物治疗组分别给予QHCY（0.8 g/kg/d、1.6 g/kg/d、3.2 g/kg/d）或美沙拉嗪缓释颗粒（0.2 g/kg/d）混悬液灌胃,连续给药49天。测量小鼠体重、记录大便性状、便血情况,计算疾病活动指数（Disease activity index,DAI）评分;测量小鼠结肠长度,收集其血清及结肠组织;HE染色观察小鼠结肠组织病理学改变;糖原染色观察小鼠结肠组织中杯状细胞数量;ELISA检测小鼠血清中TNF-α、IL-6和IL-1β的含量;RNA测序检测小鼠结肠组织中的差异表达基因,并通过GO和KEGG数据库对差异表达基因进行富集分析;对RNA测序分析结果进行实验验证:免疫组化检测结肠组织中紧密连接蛋白Occludin、ZO-1及黏蛋白MUC2的表达;TUNEL染色和免疫组化检测结肠上皮细胞凋亡情况以及凋亡相关蛋白p53、Bax、Bcl-2的表达;免疫组化检测PPARγ/NF-κB信号通路相关蛋白PPARγ、p-IκB、IκB、p-NF-κB p65、NF-κB p65、TNF-α、IL-6、IL-1β的表达。结果:与Control组比较,DSS组小鼠体重明显下降,DAI评分显著升高,结肠长度明显缩短,而中、高剂量的QHCY及美沙拉嗪干预后,小鼠体重明显回升,DAI评分显著降低,小鼠结肠长度明显增加,低剂量的QHCY干预无明显改善;HE染色及糖原染色结果显示,DSS组小鼠结肠黏膜溃疡糜烂,腺体破坏且排列紊乱,黏膜层及黏膜下层存在大量的炎性细胞浸润,杯状细胞数量明显减少,而中、高剂量的QHCY及美沙拉嗪干预能显著改善DSS导致的小鼠结肠组织的病理损伤及杯状细胞数量的减少,低剂量的QHCY干预无明显改善;ELISA结果显示,DSS组小鼠血清中TNF-α、IL-6和IL-1β水平显著升高,而中剂量的QHCY及美沙拉嗪干预后可显著抑制DSS诱导的小鼠血清中TNF-α、IL-6和IL-1β水平的升高;RNA测序结果显示,DSS组与Control组相比,共有7599个基因发生改变;DSS+QHCY组与DSS组相比,共有3831个基因发生改变;在DSS干预引起的1166个上调基因在QHCY干预后下调;在DSS干预引起的425个下调基因在QHCY干预后上调;GO生物过程分析显示两组差异基因共同富集至炎症反应、紧密连接以及黏液分泌的调节;KEGG通路分析显示两组差异基因共同富集至PPAR信号通路、NF-κB信号通路、p53信号通路和凋亡信号通路;免疫组化结果显示,DSS组小鼠结肠组织中紧密连接蛋白Occludin、ZO-1和黏蛋白MUC2蛋白表达显著降低,而中剂量的QHCY及美沙拉嗪干预后可显著抑制DSS诱导的紧密连接蛋白Occludin、ZO-1和黏蛋白MUC2表达的降低;TUNEL染色和免疫组化结果显示,DSS组小鼠结肠上皮细胞凋亡数量增加,凋亡相关蛋白p53和Bax的表达显著升高,Bcl-2的表达显著降低,而中剂量的QHCY及美沙拉嗪干预可显著抑制DSS诱导的结肠上皮细胞凋亡数量的增加以及凋亡相关蛋白p53和Bax表达的升高,Bcl-2表达的降低;免疫组化结果显示,DSS组小鼠结肠组织中PPARγ和IκB表达明显减少,p-IκB、p-NF-κB p65、TNF-α、IL-6和IL-1β的表达明显增加,而中剂量的QHCY及美沙拉嗪干预可显著抑制DSS诱导的PPARγ和IκB表达的减少,p-IκB、p-NF-κB p65、TNF-α、IL-6和IL-1β表达的增加。结论:QHCY对于慢性溃疡性结肠炎有一定的治疗作用,可以有效减轻慢性溃疡性结肠炎小鼠体重的下降、DAI评分的升高、结肠长度的缩短和结肠的病理损伤,修复肠黏膜屏障,减轻炎症反应。其作用机制可能与激活PPARγ和抑制NF-κB信号通路的异常激活有关。本课题的研究结果不仅可以进一步丰富QHCY防治慢性溃疡性结肠炎的作用机制,还可以为其临床应用提供进一步的实验依据。