内部控制是保障我国行政事业单位公共权力规范有序运行的重要手段之一。改革开放以来,我国市场经济发展取得举世瞩目成就,但与之不相匹配的是我国行政事业单位改革仍不彻底,暴露出了管理机制不健全、管理水平落后、权力缺乏制约等突出问题。我国行政事业单位内部控制是在2014年以后才陆续开展实施的,直到2016年末各单位才基本完成制度的建立与实施。学术界对行政事业单位内部控制相关理论研究的滞后、行政事业单位缺乏激励监督机制而对内部控制的忽视,都对公共资源分配科学性产生了严重阻碍。我国行政事业单位内部控制在国家统一部署和推动下步入了发展的快车道,2012年《行政事业单位内部控制规范(试行)》的颁布实施,吹响了我国行政事业单位开展全面内部控制的号角,标志着我国内部控制实践从企业正式扩展到了行政事业单位。2016年下半年财政部在全国行政事业单位范围内组织了第一次内部控制基础性评价工作,内部控制评价实践迈出了重要一步。但我们必须清醒的认识到,目前对于行政事业单位内部控制仍存在理论与实践不足的缺陷,如没有建立一个综合的、完整的内部控制评价理论体系。本文将从内部控制相关文献研究为切入点,对国内外内部控制理论进行总结和梳理,分析我国行政事业单位特殊性,介绍行政事业单位内部控制与内部控制评价相关理论。在综合评价指标体系框架的构建上,通过内部控制评价三种模式对比选择,采用整合评价模式,在借鉴西方国家成熟的内部控制理论与经验上,将系统工程学中的PDCA循环理论与内部控制评价理论结合,构建充分考虑我国行政事业单位特殊性的、科学的评价指标体系与框架。最后,本文以X财政专员办内部控制有效性综合评价为例,综合运用AHP-FCE模型,将评价指标及框架运用到了实际的行政部门,验证了指标及框架构建的科学性与可操作性。本文的研究拓展了行政事业单位内部控制评价理论,并为单位开展内部控制评价工作提供了案例依据。