内部控制制度是现代管理理论的重要组成部分,也是发展高等学校必不可少的管理工具之一。内部控制的基本思想早在西方18世纪后期就产生了,经过长期的探索,至1992年,美国COSO委员会发布了《内部控制—整体框架》的报告,内部控制已经发展的比较完善。但纵观国际以及国内的内部控制制度的设计,几乎大部分的内部控制规范是针对企业而言,而对高等学校的内部控制涉及较少或者缺少完善的系统体系。为切实可行地实施高等学校管理,使其在符合国家有关法律、法规、规范以及本单位实际情况,必须建立健全内部控制体系,预防及监督内部与有关的人员。1999年党中央做出“科教兴国、人才强国”战略部署和全国高校扩大招生规模的重大决策等以及教育部进一步发展高等教育方针、政策,教育体制改革进一步深化与完善等,高等学校的管理体制和运行机制也发生了根本性的转变,原有的内部控制模式已不能很好地实现其管理应有的功能。因此,如何设计高等学校内部控制制度,充分利用各种现代化管理方法等来发挥管理职能,已经成为当前高校管理的重中之重。本文主要利用高校治理与内部控制的关系和COSO内部控制理论的五要素,以及对高校内部控制情况的深入了解,来设计高校内部控制制度,以预防为主,通过建立完善的制度和程序来防止错误和舞弊的发生,解决高等学校内部控制实施过程中存在的问题,旨在为高等学校如何提高内部控制或设计出一套切实可行的内部控制制度。本文首先对我国高校内部控制的现状进行分析,指出加强内部控制的必要性和紧迫性,并从高校治理与内部控制的关系以及COSO内部控制的五个要素进行分析、设计高校内部控制制度,最后从项目管理、预算控制等二个重点控制内容进行具体分析与设计。