草木樨(Melilotus spp.)是重要的豆科牧草,但该草属内的进化、种间关系和遗传多样性等分子水平的研究较少。在植物生长、发育和其他生物过程中,miRNA在转录后的基因表达中起重要的调节作用。本文首次借助草木樨高通量测序数据开发EST-SSR分子标记和研究该引物的通用性,并分析了草木樨属18个种的遗传多样性和种群结构;此外,以香豆素含量差异的白花草木樨(M.albus)种质为材料进行高通量测序,鉴定miRNA以及miRNA差异表达分析。主要研究结果如下:1.利用草木樨EST序列设计得到了18182对SSR引物,根据碱基重复类型、预期片段大小和退火温度等条件筛选出550对EST-SSR引物。在15份白花草木樨种质中评价引物的多态性,共有114对引物表现出了较高的多态性,多态信息含量介于0.16~0.92之间,平均值为0.79。进一步研究新开发的114对EST-SSR引物在草木樨属18个种的通用性,发现共有70对引物在18个种之间表现出较高的多态性,其通用率为61.4%。基于UPGMA聚类分析,草木樨属18个种可分为三个集群,集群I、II和III分别包含了10、4和4个种。草木樨属18个种种群结构分析的最佳分组数为3,与聚类分析结果相似。2.根据五种基因型的白花草木樨种质的测序结果,鉴定出417个已知miRNA和76个新miRNA。进一步对获得的miRNA进行靶基因预测,鉴定出4196个靶基因,并通过GO和KEGG数据库对其进行功能注释。其中,与3个miRNA关联的2个靶基因,其功能注释到香豆素的生物合成途径的关键酶HCT(shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase)。通过qRT-PCR技术对测序结果进行了验证,同时发现miRNA与其对应靶基因之间具有相同或相反的表达模式。