血清游离型环状RNAs液体活检对早期结直肠癌诊断价值的研究

来源 :广西中医药大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yellow1989
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目的:结直肠癌(colorectal cancer,CRC)作为发病率和死亡率均排名前三的癌症,疾病防治面临着重大挑战。若能在早期被诊断出CRC的患者,90%死亡可以避免。环状RNAs(circular RNAs,circ RNAs)作为一类新型非编码RNA在多种病理生理活动中发挥作用,最新发现circ RNAs液体活检可作为肿瘤进展监测的理想生物标志物,关于其具体作用机制尚未明确。本研究通过高通量技术对CRC血清及组织样本进行检测,获得circ RNAs差异表达谱,生物信息学技术分析与CRC显著相关的circ RNAs功能性质,q RT-PCR验证其临床意义,从而探讨circ RNAs作为CRC早期诊断标志物的价值,为临床治疗提供新的研究方向。方法:1.采用基因芯片技术检测4例早期CRC、4例晚期CRC、4例腺瘤性息肉及4例健康受试者血清,获得各自circ RNAs差异表达谱。此外,对3对结直肠癌组织/癌旁组织和3例腺瘤性息肉/息肉旁组织进行Illumian测序,获得组织中的circ RNAs差异表达谱。通过比对腺瘤、早期CRC和晚期CRC各组circ RNAs表达差异,从中挑选出在早期CRC-腺瘤-健康对照中特异表达的circ RNAs作为候选标志物。同时,联合组织中表达情况挑选在血清和组织中重叠表达的circ RNAs作为候选标志物。2.生物信息学GO/KEGG对候选circ RNAs来源基因功能富集分析,借助Target Scan和mi Randa数据库预测候选circ RNAs的mi RNA结合位点,构建circ RNA-lnc RNA-mi RNA-m RNA调控网络。3.确定血清和组织最终候选诊断标志物,从CSCD癌症数据库获得CRC候选诊断标志物结构模式,TCGA癌症数据的获得CRC候选诊断标志物的生存曲线。4.采用q RT-PCR技术验证CRC血清和组织中候选诊断标志物的表达情况。对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳分析和Sanger测序,证明产物的真实性和正确性。扩大样本量验证候选诊断标志物表达情况,收集相关样本的临床病理资料,分析circ RNA表达水平与临床病理因素相关性。ROC曲线分析circ RNA作为液体活检分子标志物的诊断价值。结果:1.CRC血清和组织中均存在差异circ RNAs表达谱。从血清早期CRC-腺瘤-健康对照中筛选出139例在早期CRC中特异表达的circ RNA作为候选标志物,早期CRC vs健康对照和早期CRC vs腺瘤组中筛选13个共同表达circ RNAs。联合血清候选标志物与组织癌vs癌旁中表达情况,最终得到4个血清和组织中重叠表达的circ RNAs。2.GO富集分析发现circ RNAs来源基因主要富集在胞质等细胞组分,多参与基因表达调控等生物过程,与转录因子结合和酶活性等分子功能联系紧密。KEGG富集分析证明circ RNAs来源基因主要富集在ABC转运蛋白及c GMP-PKG信号通路。预测CRC血清和组织中重叠表达circ RNAs的mi RNA结合位点,根据circ RNA-mi RNA,mi RNA-lnc RNA,mi RNA-m RNA相互作用关系,构建了包含4个circ RNA,17个lnc RNA,13个mi RNA,95个m RNA的ce RNA网络。3.血清候选诊断标志物hsacirc0001445和hsacirc0006220,组织候选诊断标志物hsacirc0001445,hsacirc0006867,hsacirc0078607均存在差异表达,且与芯片和测序结果一致。琼脂糖凝胶电泳和Sanger测序证实了候选标志物的真实性与正确性。4.Hsacirc0001445在早期CRC血清和组织中的表达与其他各期具存在显著差异(P<0.05),选择hsacirc0001445作为早期CRC的诊断标志物探讨其临床价值。扩大样本量,在99例血清和54对癌/癌旁组织验证hsacirc0001445表达情况,结果与前期检测一致。分析血清和组织中稳定表达的hsacirc0001445与临床病理因素相关性。发现hsacirc0001445表达水平与患者年龄、肿瘤分化程度、TNM分期、肿瘤大小、肿瘤位置及远处转移均有一定相关性(P<0.05)。ROC曲线显示血清中hsacirc0001445曲线下面积0.8071(P<0.001),提示对早期CRC具有较好诊断价值。结论:CRC血清中存在差异表达circ RNAs谱。早期CRC circ RNAs表达存在特异性,其中hsacirc0001445血清液体活检可作为非侵入性生物标志物应用用于早期CRC筛查诊断。本研究为CRC的诊断治疗提供了新的研究方向。
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