蛋白质激酶家族广泛分布于人体，参与诸多生命过程，发挥着非常重要的作用。作为蛋白质激酶家族重要的一员，Rho激酶(ROCK)是许多疾病的重要靶点，越来越成为研究的热点。ROCK参与到一系列的细胞作用中，比如收缩、粘附、迁移和增殖，是治疗心血管疾病、神经紊乱、癌症等的治疗靶点。目前，ROCK抑制剂的研发是药物开发的一大热点，新的ROCK抑制将为治疗许多疾病发挥积极作用。　　本文基于计算生物学方法，以61个ROCK抑制剂分子为数据集，运用CoMFA、CoMSIA和分子对接方法，建立数学模型并讨论抑制剂分子的结构特征与生理活性的关系。基于配体叠合，我们以位阻场和疏水场构建的CoMSIA模型最优，其结果为:Q2=0.509，R2ncv=0.987，SEE=0.131，F=287.999和R2pre=0.837，显示了良好的预测能力。在此模型的基础上的三维等势线图形象地说明:在分子的不同位置增加不同大小或者类型的基团有利于提高分子的生物活性。比如在模板26号分子的17位置到25位置区域适当地增加大的取代基，可以有利于提高活性;在5、17、18、25位置附近增加疏水性取代基有利于提高活性;在19位置外围增加小块的亲水性取代基有利于提高活性。通过分子对接我们发现，药物分子通过与氨基酸Glu170、Met172和Asp232产生强有力的氢键作用，使小分子稳定在受体的结合口袋中。这说明Glu170、Met172和Asp232在配体与受体相互作用、产生结合的过程中起到了很重要的作用。本文通过研究ROCK抑制剂的结构特征和作用机制，能够帮助深入了解ROCK的作用机理，并且将有利于开发更多的吲哚类Rho激酶抑制剂。