本文基于粒度空间理论，以模糊邻近关系为主要研究对象，探讨其聚类结构相关性质．结构是一个模糊关系的本质特性，本文以此为切入口，着重研究变换后是否保持聚类结构以及模糊邻近关系同构性和相似性问题．具体工作如下：在第一章中，简要介绍国内外生物信息学相关知识、粒计算、聚类分析和模糊邻近关系的研究进展，以及本文的主要工作和创新点．在第二章中，首先给出粒度空间的表示、改进的生成算法以及最小传递闭包、粒度粗细的度量；然后在实例中用最小动态连通图诠释粒度空间的生成过程，引入关键点序列等概念；最后给出关键点序列和聚类结构的相关性质．在第三章中，基于模糊邻近关系的粒度空间，对蛋白质序列进行聚类结构分析．利用MEGA软件计算选取的木聚糖酶序列间的比对距离，引入内积将其转化为模糊邻近关系再应用算法求解其粒度空间，进行序列的聚类结构分析和最佳聚类确定研究．这些研究为蛋白质序列提供了定量分析的工具．在第四章中，首先引入模糊邻近关系关于聚类结构的同构，从关键点序列角度给出了两个模糊邻近关系同构原理；其次，讨论三种典型t模对模糊邻近关系聚类结构的影响，并对最小模糊邻近关系和最小闭包进行线性规划，建立优化模型构建保持聚类结构的最佳逼近；再次，引入模糊邻近关系的ε相似的概念以及相关性质；最后引入模糊邻近关系关于聚类结构的强ε相似的概念，进行了两个模糊邻近关系同构与强ε相似之间的关系的研究．这些研究结论为一般的聚类结构分析提供研究工具，加深对模糊邻近关系和聚类结构的理解，为处理数据信息提供理论和方法．在第五章中，对整个研究工作进行总结和汇报，并指出进一步研究的思路和想法．