随着医药行业卫生体制改革后,基层医疗卫生单位开始发展,逐渐形成了新的基层运行体制。新的药物制度的发展,在一定层面上保障了其社会的公益性,也为基层群众的基本利益提供了一定的保护。但是,随着医药卫生体制的改革,也伴随着一定的问题,比较滞后的内部控制也造成了一些职位犯罪和经济事件,有些甚至还影响到了基层公立医院的声誉以及持续经营发展。目前,我国对于基层公立医院内控领域制度要求比较宽泛,很多专家对于公立医院内部控制的研究也仅限于大中型医疗机构,对基层公立医院内控的研究不足。基层公立医院内控主要应解决的重点问题是提高其服务的效率,完成其应有的公共卫生职能。因此,在现有基层公立医院内控建设下,如何提高基层公立医院内部控制的有效性是本文研究的重点。本文通过财政机关对X区基层公立医院的内部控制评价表以及深入了解该区基层公立医院内部控制建设的具体情况,在以提高内部控制有效性为目标的基础上,介绍了内部控制理论、风险管理论以及流程管理理论,对其主要经济活动的具体控制措施进行了分析和优化。本文以X区基层公立医院为例,通过调查以及文献借鉴的方法,了解到该区基层公立医院内部控制的现状以及存在的问题,对现有的内部控制做出相关的评价和分析,并基于流程再造视角下对该区基层公立医院的内部控制进行优化,从而能够对其他的基层医疗机构提供一定的参考。主要从下面几个方面进行讨论。(1)对基层公立医院的内控特征进行分析,发现其具有广泛性、层次性、全过程性和公益性。(2)在对该区基层公立医院内部控制进行全方位了解的基础上,发现其在执行中,有关经济业务的预算、收支、采购业务三个方面存在较大的问题。从总体内控上面分析,发现其内控在风险管理的意识上比较缺乏,一些关键的控制活动没有落实以及监督机制不健全等原因存在。(3)针对内控流程层面存在的不足,通过在原则和目标指引,提出了具体的解决措施,并从单位的风险防控、信息沟通以及强化监督等方面进行保障。帮助基层医院完善内部控制体系,提升经营管理水平,实现内部控制目标。在丰富我国行政事业单位内部控制理论的同时,加强基层医院的医疗服务质量,使其更好地服务于群众。