水稻种质资源遗传背景和遗传多样性的鉴定是开展水稻遗传育种研究的前提,开展我国不同稻作区、不同省份、不同年代水稻种质资源的遗传多样性、遗传分化及亲缘关系的研究,将对水稻育种亲本材料的选择和新品种培育具有重要指导意义。为探究中国水稻种质资源遗传多样性的地理分布特点及其近几十年的变化趋势,本研究利用分布于水稻12条染色体上的36个SSR标记,对4860份来自中国6个稻作区和国外引进的水稻资源(其中育成品种1610个)进行了遗传多样性、群体结构、群体遗传分化与亲缘关系等方面的分析,其主要研究结果如下:1、在4860份水稻资源中共检测到2011个等位变异,每个位点19～141个,平均55.861个,平均每位点的主要等位基因频率、基因多样性指数、观测杂合率和多态信息含量分别为0.266、0.855、0.111和0.840。2、水稻资源遗传多样性的地理分布特征表现为西南稻作区的籼稻和粳稻、华南稻作区籼稻选育品种(品系)及华北稻作区粳稻地方品种的遗传多样性较高,而西北稻作区粳稻选育品种(品系)的遗传多样性较低,其余稻作区水稻的遗传多样性处于中等水平。云南省的水稻资源较其他省份具有最丰富的遗传多样性。3、水稻品种遗传多样性近几十年的变化趋势为20世纪80年代前育成的水稻品种遗传多样性较低,而20世纪80年代至21世纪00年代育成水稻品种的遗传多样性显著提高,到21世纪10年代水稻遗传多样性有所下降。随着年代的发展,各年代育成品种特有等位总体趋于增加。4、群体结构及主成分分析显示,水稻资源有明显的籼粳分化,籼稻遗传背景多样化,而粳稻族系组成较纯合、遗传背景较单一。南、北方粳稻遗传背景相差较大、分化明显,南方粳稻的遗传背景更丰富,而北方粳稻遗传组成较单一。以上结果表明不同稻作区籼稻基因交流较频繁、遗传组成较复杂,而粳稻的遗传结构、遗传背景则相对单一。5、分子方差分析表明,遗传差异主要来源于稻作区内和年代内,群体内变异百分高低比与群体大小呈正相关(P<0.05)。6、遗传分化分析显示,不同稻作区籼稻群体间的遗传距离较小、遗传分化较低,地方品种与选育品种(品系)的分化不明显;而不同稻作区粳稻群体间的遗传距离较大、遗传分化较高,同一省份粳稻地方品种与选育品种(品系)差异较明显,不同省份粳稻地方品种间的遗传差异也较大。籼稻群中,南方(华南、西南、长江中下游)各稻作区及引进籼稻的遗传分化值较小、亲缘关系较近,而华北稻作区籼稻与南方各稻作区及国外引进籼稻的亲缘关系则较远。粳稻群中,北方(华北、西北、东北)各稻作区粳稻的亲缘关系较近,从日本引进的粳稻与东北稻作区粳稻的亲缘关系较近,而南方各稻作区间、南方各稻作区与北方各稻作区和引进粳稻间的亲缘关系均较远。聚类分析显示,广西的籼稻地方品种、贵州的籼稻地方品种、河南的籼稻选育品种(品系)以及上海、新疆的粳稻地方品种遗传背景较独特,单独聚为一类。以上结果表明水稻的亲缘关系与资源类型和地理位置均相关。7、新育成品种与古老育成品种的亲缘关系较远,不同年代育成的籼稻群和粳稻群均表现为20世纪80年代前育成的品种与20世纪80年代后育成品种的亲缘关系较远,其中20世纪80年代前育成的品种和21世纪10年代育成的品种的遗传分化最大。籼稻群中,2000年前育成的品种不同年代间差异不显著,2000年后育成的品种不同年代间差异显著;粳稻群中,除20世纪80年代与90年代育成品种的遗传分化不显著外,其余每两个年代间的差异均显著。