目的:　　 对北京地区2008.4～2008.10儿童手足口病流行期间的手足口病患儿进行病原学初步调查,了解该地区手足口病的临床和流行病学特征,明确该病的临床表现和肠道病毒血清型分布,并分析2008年北京地区肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)在手足口病患儿中的流行情况及种系进化规律。　　 方法:　　 收集手足口病患儿的临床资料,进行回顾性分析。采集手足口病患儿的咽拭子、肛拭子进行病毒分离,分别在肠道病毒基因组5’端非编码区,Coxsackievirus A16型(CAl6)和EV71 VP1区设计通用引物和特异性引物,建立RT-PCR检测方法对病毒进行初步鉴别。根据PCR所用引物及PCR扩增出产物片段大小不同,初步判定出EV71和CA16病毒的血清型别。随机选取其中16株EV71病毒进行VP1区编码基因全序列的测定和遗传学分析,进行同源性比较和构建系统进化树。　　 结果:　　 本研究共包括82例手足口病患儿,78/82(95.1％)例患儿有口腔粘膜水疱,均有手和(或)足部皮疹,其中26/82(31.7％)例有发热,低热为主。72/82(87.8％)例患儿5岁以下。感染病原学检查发现,肠道病毒通用引物检测阳性样本有56/82(68.3％)例。在肠道病毒阳性的56例样本中,EV71型感染的患儿23/56(41.1％)例,CA16型感染的患儿12/56(21.4％)例,提示2008年北京地区手足口病以EV71最多。21/82(37.5％)例非CA16和EV71肠道病毒阳性,可能为其他病毒感染。26/82(31.7％)例患儿肠道病毒检查为阴性。筛选得到的23例EV71阳性样本中,选取其中16株肠道病毒PCR阳性产物基因克隆、测序,证实为EV71；并测定其中16株病毒的VP1区核苷酸序列。16株EV71病毒完整VP1区相互间核苷酸同源性为96.07％～100.0％,氨基酸同源性为95.96％～100.0％,提示分离株之间的核苷酸和氨基酸同源性均较高。将16株EV71病毒株与36株EV71国际参考株相比,核苷酸同源性为81.98％～99.44％,氨基酸同源性为92.93％～100.O％,提示本研究所分离的毒株同源性较高。16株北京分离株与近年多数中国大陆分离株形成进化树上是亲缘关系较近的一群。　　 结论:　　 产物经序列测定和分析证实,PCR结果正确,说明PCR方法具有很高的特异性,可作为EV71初步鉴定的首选方法。2008年北京地区儿童中流行的手足口病主要与EV71和CA16感染相关,其中又以EV71占多数。EV71为2008年北京地区手足口病的主要致病原,无神经系统症状的手足口病亦可为EV71感染。本地区EV71毒株同源性较高,与GenBank中36株EV71参比毒株序列进行系统进化分析显示其属于C4基因群。