行政事业专项资金是行政事业单位为完成特定的工作任务而向财政部门申请的款项。这些年来行政事业单位专项资金投入取得了一些成效,但是在使用和管理上也存在一些问题,投入目标不明确,缺乏适当的绩效评价和长效监督机制,专用资金投放效果也不明显,浪费现象十分严重。由于专项资金占行政事业性工作经费比重较大,专项资金如何使用直接决定了财政资金的投入效果。因此,分析研究行政事业单位专项资金的使用管理显得尤为重要。相对于企业而言,行政事业单位作为公共部门提供公共服务,通常没有经营效益方面的考虑,因而其风险主要是专项资金业务中的低效、浪费和舞弊,要将这些风险控制在可控的范围内,就要针对具体情况制定适用的风险应对策略。为了真正发挥行政事业单位专项资金的作用,把钱花在刀刃上,让专用资金取得显著效果,最终使行政事业单位充分发挥其职能。本文通过对专项资金管理现状进行深层次的分析研究,发现行政事业单位在专项资金管理方面主要存在以下几个方面的问题：制度建设和执行不到位,财务人员业务水平偏低,专项资金预算不尽合理,使用范围不清晰,票据不规范,单位领导不够重视,工作机制和考核指标不健全,部门设置不合理,事中和事后缺乏有力的监管机制等。笔者从专项资金管理存在的问题出发,找出产生问题的根本原因,提出了行政事业单位专项资金管理对策：行政事业单位首先要发挥体制和个人的潜力,要建立健全制度,可执行的制度是专款专用的保证。要大力培养高层次会计专业人才,有效防范风险；其次,专项资金管理要从源头控制,提高预算控制水平。要明确专项资金使用范围,规范票据管理。提高单位领导对专项资金管理的重视程度,增加领导任期的考核指标。建立健全工作机制,合理设置部门和岗位；再次,要加强事中审核和事后监管机制,增加绩效评价环节等。