投资项目效益审计方法作为效益审计的基本工具，对其研究特别是应用研究的匮乏，构成开展投资效益审计的“瓶颈”。本文从项目决策和运营两方面内容的效益评价入手，集中研究了常用于这两方面评价的净现值法和杜邦财务分析法，分别分析了上述方法在应用中存在的问题，并提出了相应的改进。　　 净现值法需要先确定一个基准折现率来计算项目的净现值，而国家有关部门提供的现行折现率参数往往缺乏时效性，且不能按行业、项目进行细化。实践中常用的确定基准折现率的方法，如社会折现率法、无风险利率加成法、行业基准收益率法等，都具有一定的局限性，且均无法反映项目在各个发展阶段(高速发展期、平缓增长期、衰退期)所呈现出的折现率变化趋势。对此，本文结合项目生命周期的特点，选取行业内若干同类项目进行分阶段的项目实测，从而得到项目各发展阶段所对应的不同折现率。　　 杜邦财务分析方法由于基于利润指标而有着先天的缺陷。本文对其进行了简洁实用的改进：以更为客观的现金流量指标取代利润指标，同时将核心指标由净资产报酬率(ROE)变为净投资现金流量回报(CFROI)，且对相应的驱动因素进行分解，分析各分项指标反映的资本结构、管理营运、费用开支及盈利等方面的运营状况。改进后的杜邦财务分析方法将运营评价与组织“经济价值最大化”的总体目标契合起来，从而形成更为科学的评价指标体系。　　 本文采用案例研究方法，用改进后的评价参数和方法对Y机场迁建工程的决策和运营等方面进行了效益审计，同时结合战略、内部控制、社会经济等因素综合评价了上述方面的效益。