抗原提呈通路基因LMP TAP和ERAP多态性与结核病的相关性研究

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:laijacky1
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目的:探究宿主遗传因素--HLA Ⅰ类抗原提呈通路基因低分子质量蛋白酶体(Low molecular weight proteasome,LMP)、抗原加工相关转运体(Transporter associated with antigen processing,TAP)和内质网氨肽酶(Endoplasmic Reticulum Aminopeptidase,ERAP)单核苷酸多态性(Signle Nucleotied Polymorphisms,SNPs)与结核(Tuberculosis,TB)发生发展的相关性,为结核病的治疗及预后提供新的依据。方法:选取云南汉族结核病患者449人(其中肺结核324人,肺外结核125人;初治结核278人,复治结核171人),健康对照435人,采用SNaPshot对其LMP2、LMP7、TAP1、TAP2、ERAP1、ERAP2基因的24个SNPs进行基因分型,χ2检验分析各SNPs位点等位基因、基因型和单倍型在病例和对照组中的频率差异,进一步的分层分析,研究LMP2,LMP7,TAP1,TAP2,ERAP1和ERAP2基因SNPs与云南汉族人群结核病的相关性。结果:①LMP基因中4个SNPs位点的等位基因及基因型频率在结核病例组和对照组中差异均无统计学意义,单倍型 rs1351383-rs17587-rs2 127675-rs2071543:C-A-A-G在结核病例组的频率显著高于对照组(P=5.72×10-11,OR=0.040,95%CI:0.010-0.1 65)。②TAP基因中rs41551515位点的A等位基因在结核病例组中的频率显著高于对照组(P=8.00×10-4,OR=4.124,95%CI:1.683-10.102),其余 SNPs 位点的等位基因及基因型频率在结核病例组和对照组中差异均无统计学意义;等位基因TAP1*unknownl(P=4.20×10-5,OR=19.795,95%CI:2.651-147.824)和单倍型 TAP1-TAP2:TAP1*unknown 1-TAP2*01:02:TGTAGGA-CAC(P=1.06×10-4,OR=1 7.979,95%CI:2.395-134.980)在结核病例组的频率显著高于对照组。③ERAP基因中rs2549782位点的G等位基因在结核病例组中的频率显著高于对照组(P=0.002,OR=1.348,95%CI:1.1 17-1.626),最优遗传模式--显性遗传模式显示基因型在结核病例组和对照组间频率的差异具有统计学意义(P=0.001,OR=1.650,95%CI:1.230-2.220);rs1056893 的C等位基因在结核病例组中的频率显著高于对照组(P=0.002,OR=1.350,95%CI:1.118-1.631),最优遗传模式--加性遗传模式显示基因型在结核病例组和对照组间频率的差异具有统计学意义(P=0.002,OR=1.350,95%CI:1.120-1.630);其余SNPs位点的等位基因及基因型频率在结核病例组和对照组中差异均无统计学意义;ERAP2基因位点所构单倍型 rs2549782-rs2548538-rs2248374-rs2287988-rs 1056893:G-T-A-G-C在结核病例组的频率显著高于对照组(P=2.40×1 0-5,OR=1.510,95%CI:1.246-1.829)。(④分层分析结果显示:rs41551515的A等位基因在肺结核组、复治结核组的频率显著高于对照组(P=6.90×104,OR=4.350,95%CI:1.727-10.954;P=8.77×10-5,OR=5.690,95%CI:2.145-15.095);显性遗传模式显示rs2549782基因型在肺结核组和对照组间频率的差异具有统计学意义(P=4.00×1 0-4,OR=1.790,95%CI:1.290-2.480),rs2549782的G等位基因在复治结核组的频率显著高于对照组(P=4.61×10-5,OR=1.685,95%CI:1.3 10-2.168),最优遗传模式-加性遗传模式分析显示基因型在病例组和对照组间频率的差异具有统计学意义(P<0.0001,OR=1.720,95%CI:1.320-2.230);rs2548538的T等位基因在肺外结核组的频率显著高于对照组(P=0.001,OR=1.617,95%CI:1.208-2.163),在复治结核组的频率显著高于对照组(P=9.99×10-5,OR=1.646,95%CI:1.279-2.117),在复治结核组的频率显著高于初治结核组(P=0.001,OR=1.623,95%CI:1.234-2.135),最优遗传模式--加性遗传模式分析显示基因型在三组间的频率的差异具有统计学意义(P=0.001,OR=1.650,95%CI:1.220-2.220;P=1.00×10-4,OR=1.670,95%CI:1.290-2.170;P=4.00×10-4,OR=1.650,95%CI:1.240-2.190);rs2248374 的A等位基因在复治结核组的频率显著高于对照组(P=4.21×10-4,OR=1.570,95%CI:1.221-2.019),最优遗传模式--加性遗传模式分析显示基因型在两组间的差异具有统计学意义(P=0.001,OR=1.570,95%CI:1.220-2.020),最优遗传模式--加性遗传模式分析显示rs2248374基因型在复治结核组和初治结核组间频率的差异具有统计学意义(P=0.002,OR=1.540,95%CI:1.160-2.030);rs2287988 的 G 等位基因和 rs1056893的C等位基因在复治结核组的频率显著高于对照组(P=1.33×10-4,OR=1.631,95%CI:1.268-2.098;P=6.55×10-5,OR=1.668,95%CI:1.296-2.145),最优遗传模式--加性遗传模式分析显示基因型在病例组和对照组间频率的差异具有统计学意义(P=1.00×10-4,OR=1.660,95%CI:1.280-2.150;P=1.00×1 0-4,OR=1.660,95%CI:1.290-2.140)。结论:本研究发现rs41551515的A等位基因,rs2549782的G等位基因,rs1056893的 C 等位基因,等位基因型 TAP1*unknownl,单倍型 TAP1*unknownl-TAP2*0102:TGTAGGA-CAC 和 rs2549782-rs2548538-rs2248374-rs2287988-rs1056893:G-T-A-G-C可能会增加结核的患病风险;单倍型rs 135 1383-rs 17587-rs2127675-rs2071543:C-A-A-G可能是结核患病的保护性因素。ERAP2基因的rs2549782、rs2548538、rs2248374、rs2287988、rs1 056893则可能与结核复发相关。
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