经济社会的迅速发展步伐和自然资源的消耗速度，早已远远超越自然界的承载力和再造能力，生态环境问题已逐步成为阻碍经济社会发展的瓶颈。近年来，政府不断加强对生态环境问题的重视与治理，逐年加大的生态转移支付力度有据可查，其监督实施和治理的绩效评价同时成为社会各方共同关注的热点。绩效评价是对被评价对象进行的客观、合理的全面综合评价，绩效综合评价方法的应用在管理科学与工程研究范畴中占据着极为重要的地位。评价指标的选取、指标数据的信息处理、权重的确定、评价模型方法的应用共同构成了综合评价的理论体系。本文选择因子分析模型实现对我国各省份的生态转移支付绩效综合评价，并得出综合得分和排名。选择BP人工神经网络模型实现对重点生态评估领域的综合绩效评价，得出评价结果后并与因子分析的评价结果对比分析，两种方法的评价结果基本一致。最后针对评价结果给予客观合理的建议与意见。为使评价结果直观显示和方面使用者的获取，在借鉴国内外绩效审计报告框架的基础上，构建符合生态转移支付绩效评价的审计报告模式，并提出创新审计模式构想。随着绩效综合评价对象系统的日益复杂化，以及绩效评价数据量化工作的难度加大，决策支持问题便日趋成为绩效综合评价研究的重要方向。本文在研究决策支持系统理论的基础上，依据生态绩效评估的特点，拟定了生态绩效评价决策支持系统的设计模式，即具有四库一体功能的结构设计。绩效评价决策支持系统的应用使用户可规范化处理评价指标信息、科学的确定权重向量以及恰当选择综合评价方法。