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细菌间协同相互作用和菌群组成对生态系统功能有决定作用。肠道菌群被认为具有维持肠道微生态的功能,包括刺激免疫、竞争营养、竞争病原菌结合位点、产生抗菌物质以及促进有益物种生长等来维持肠道微生态稳定。刺参(Apostichopus japonicus)是一种常见的海水经济物种,并同时具有一定的科学研究价值。但关于刺参肠道定殖菌群的研究较为少见。本课题选取15头来自不同地点、不同生长模式的健康刺参(每处3头),取出肠道内容物后,进行了16S rDNA高通量测序分析,所选用的刺参分别来自于黄海海域的獐子岛(ZZD)、丹东(DD)和庄河(ZH),来自于渤海海域的葫芦岛(HLD)和来自于黄渤海交界处的旅顺(LS),其中,獐子岛和旅顺附近海域刺参生长模式为野生,其余三组为养殖。经测序分析,共获得952 005条有效数据,并聚类成27 117个可操作分类单元(OTUs);经物种注释得到,五组中丰度最高的门均是变形菌门(Proteobacteria),但在属水平上有差异:样品组DD、ZZD、ZH和HLD组中优势菌为变形菌门盐单胞菌属(Halomonas),具体含量为DD,36.97%,ZZD,42.66%,ZH,31.73%,HLD,31.96%,其次为希瓦氏菌属(Shewanella),具体含量为DD,9.13%,ZZD,14.34%,ZH,9.56%,HLD,8.95%;而LS组为拟杆菌门(Bacteroidetes)拟杆菌属(Bacteroides),含量为3.72%;根据Alpha多样性结果,样品组LS观察到的物种数最多,菌群多样性最高;样品组ZZD菌群多样性最低;样品组DD菌群丰富度最低;根据Beta多样性分析,样品组LS与其他四组之间有很大差别,样品组ZZD与HLD之间较为相似。通过比较不同地理环境来源的刺参肠道菌群,发现黄渤海交界处组(LS)的刺参肠道样品中变形菌门、盐单胞菌属和希瓦氏菌属含量显著低于另外两组(黄海组包括ZZD、DD和ZH,渤海组包括HLD)(P<0.05),而酸杆菌门、拟杆菌门、芽单胞菌、疣微菌门、浮霉菌门和拟杆菌属含量显著高于其他组(P<0.05);黄渤海交界处组刺参肠道菌群的shannon指数、chao1指数和ACE指数均显著高于其他两组(P<0.05)。以上结果说明地理环境影响刺参肠道菌群。乳酸菌(lactic acid bacteria,LAB)和双歧杆菌(Bifidobacterium)在所有组中均有发现,总含量为0.58%到4.66%,乳酸菌平均含量为1.01%,双歧杆菌平均含量为0.99%,可作为潜在益生菌进行开发。通过比较野生和养殖刺参肠道菌群,发现野生组刺参肠道菌群中,酸杆菌门、放线菌门、芽单胞菌门、疣微菌门和浮霉菌门的含量显著高于养殖组。证明生长方式能够影响刺参肠道菌群。本课题中发现刺参肠道固有菌、优势菌可以作为潜在益生菌进行后续开发,而生长方式和生长环境对刺参肠道菌群影响的比较,可以为刺参用微生物制剂的开发提供参考,为刺参差异化养殖提供技术支持。