国内分子生物学知识图谱的构建及解读

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分子生物学作为一门新生的学科,仍然处于成长的初级阶段。学科背景迥异的科学家从各自的知识领域出发,对分子生物学领域的基本问题不断探索,由单一分析转向综合分析,去研究生物的多样性与生命本质的一致性。许多学者在反思中提出了学科研究的一系列问题,如相互交流合作太少、重复研究、学科成熟程度与独立性等。因此,我们认为有必要对这一领域的研究状况进行全方位的扫描,梳理一下分子生物学的发展脉络。本研究主要采用科学知识图谱绘制方法,包括引文分析方法、共引分析方法(作者共引分析、文献共引分析)、词频分析方法和社会网络分析方法。以定量分析为主、定性分析相辅,将定量分析结果与前人定性研究的结论相比较,以验证结论的有效性。并结合定性分析的方法,深入阐释本选题的定量分析结果。本研究首先从分子生物学的基本概念、研究对象、研究内容和分子生物学各领域进展两方面对分子生物学的国内外研究进行了综述,继而介绍了研究所使用的知识图谱理论与方法、数据来源以及使用的软件,绘制出基于作者共引分析与词频分析的分子生物学学科结构知识图谱。通过被引频次我们确定了对分子生物学发展具有较大影响的作者群体,经过系统聚类,这些高影响力作者被分为五个研究团体,每个研究团体的研究方向分别对应于分子生物学的五个主要的学科分支:基因的重组、克隆和表达,基因序列和基因工程技术,DNA损伤和蛋白质研究,基因组学及其技术,蛋白质组学及其技术。尽管聚类将研究团体加以区分,但是研究团体的内部结构都比较松散。我们对每个学科分支领域及其代表人物作进一步探讨,认为龙建银、隋广超、欧阳立明、茹炳根和冯小黎所组成的研究团体具有最重要的地位,这五位学者可以说是分子生物学领域的学科带头人。同时,我们发现,北京是整个分子生物学领域的最重要的研究阵地。为了确定分子生物学的热点研究领域,验证已有的对分子生物学前沿领域的界定的准确性,我们基于文献共引分析和词频分析绘制出分子生物学主流研究领域知识图谱,提取出了分子生物学13个前沿研究领域,分别是:基因组、线粒体基因组;基因工程;中国癌症现状及防治;糖尿病肾病防治;植物的基因和蛋白质研究;蛋白质组学、生物信息学;线粒体与细胞凋亡;PCR技术、DNA指纹图谱;酶活性测定、电泳技术;酶基因;金属硫蛋白;基因过表达;慢性阻塞性肺、动脉硬化等疾病的防治。我们追踪每个研究领域的发展,绘制了论文发表的年代分布,列出了初始文献和最有影响的文献,对分子生物学的主流研究领域做出定量和定性相结合的展示。根据普赖斯对高产作者的界定,我们筛选出150位高产作者,绘制出由9个子网络组成的分子生物学合作网络的知识图谱。子网络间独立性较强,没有相互联系,形似孤岛。由肖志强、陈主初、李建玲、张鹏飞等组成的子网络被确定为分子生物学合作网络的中心子网络。尽管该子网络有着较高的合作活跃度,但是它没有起到联系其他子网络的作用,因此还不能算是真正意义上的网络中心。网络的密度值表明分子生物学的合作网络比较松散。合作网络中度中心性最高的作者是周鸣和肖志强,根据度中心性,我们确定了每个子网络的核心作者。同时,我们发现作者的论文产出与度中心性数值之间是显著相关关系,这表示大多数的高产作者在分子生物学的合作网络中也是非常活跃的。通过关键词词频分析,我们得出分子生物学合作网络的合作领域主要有恶性肿瘤的分子机制和基因治疗、基因的序列和功能、基因的表达、蛋白质组学等的结论,并对各个子网络的合作领域进行了探讨。
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