刑事诉讼是为了保证公民基本人权不受强大的国家公权力机关的肆意不当侵害而存在的。它也是维护司法公正和权威,维护社会公平正义的最后屏障。刑事诉讼中始终应当追求程序正义和实体正义,并且应当以刑事程序性正义作为实现刑事实体正义的前提和基础。民主和法治社会为了保障人权,限制公权力对公民私权利的恣意侵犯,就要通过刑事诉讼法进行程序性保证刑法的适用,对犯罪进行法定程序的追诉和审判,确保被害人、被告人的正当权益都能体现。公诉权作为刑事诉讼中的重要环节,也是刑事诉权行使的最基本和最重要的方式。在现代民主法治社会,大多数国家都采用了公诉权作为主导,辅之以自诉权的刑事起诉制度。如日本实行的国家垄断追诉主义和检察官独占起诉制度,美国实行的大陪审团审查起诉和检察官审查起诉相结合制度等都是以国家追诉完全占据刑事诉权,德国、法国虽然有被害人权利救济相关制度,但仍以刑事公诉权占主导地位。我国刑事诉讼法也采取绝大多数刑事案件实行公诉的制度,这样就出现了公诉权与自诉权并存行使的问题。公诉权与自诉权由于同时基于刑事诉权而存在两种权利主体,很容易发生协调不好,致使两权相争或两权互相推诿的情况,司法机关在实务操作中颇感困惑,无从下手。特别是自诉权对公诉权造成不同层次上的交叉混乱,可能不当的侵压公诉权等困境,而且对于部分严重犯罪赋予被害人自由处分权,很容易引发社会不稳定。本文试图通过对公诉权和自诉权关系的分析,通过对日、美、德、法等分属于英美法系和大陆法系各国的刑事起诉制度的介绍,对其各自解决自诉权与公诉权矛盾的不同处理方式的评析;对比我国现行刑事起诉制度的缺陷所在,借鉴其有益的经验,明确指出解决自诉权与公诉权并存行使出现矛盾和冲突的有效路径就是公诉权整合自诉权,以及公诉权整合自诉权、全面占领刑事起诉领域的重要意义。在此基础上,本文与之相配套地设置了一系列的法律制度包括被害人国家补偿、上诉制度的完善、司法最终审查制度,以保证寻求到被告人、被害人、社会公共利益和国家法律秩序之间的衡平点,进一步完善我国的公诉制度。