矿产资源是现代工业的“粮食”，在经济建设中具有重要的基础作用。因此保持矿产资源产业的持续健康稳定发展尤为重要，其关键途径就是要实现矿产资源产业链的整合优化，理顺矿产资源产业链之间的利益分配及其协调机制。整理相关研究文献的基础上，提出了矿产资源产业链的利益类型划分理论。同时选取了数据包络分析方法（DEA）的Malmqusit指数模型和加权平均效率测度模型，对矿产资源产业、矿产资源产业的采选和冶炼加工环节、矿产资源产业的内部行业构成进行了定性分析和效率评价。从结果来看，除磷盐工业外，其他行业都存在效率改进的趋势。整体行业的效率有进一步提升的余地。进一步研究发现，矿业结构效率则是被投资所导致的利益分配不均所扭曲。在确定矿产资源产业的利益分配存在问题后，对了矿产资源产业链中的利益分配影响因素进行定性和定量分析，总结出了矿产资源产业链的双次分配原理，初次分配大小取决于生产要素投入量和短期生产能力中的企业的产品溢价能力和技术水平；再次分配大小取决于交易成本、核心企业的控制能力、市场的协调能力。其运行机理是通过在一定的区间内的中间产品价格来确定均衡产量，从而使得单个企业和产业链整体均能实现利益最大化。最后，构建了利益分配的机制，阐述了其运行过程，并结合我国矿产资源现状进行了分析和说明。随后建立了一个利益分配的协调机制。指出其由开采合作机制、沟通机制、竞争谈判机制、监督激励机制共同组成，阐述了其运行过程、特点和划分。最后，结合了我国矿产资源产业中常见的冲击事件等宏观变量，分析了三种不同情景下的单个企业和有矿产资源产业利益分配协调机制下的推演过程和结果。总体结论：矿产资源整体产业的效率存在改进余地，拖累产业链整体效率的正是不恰当的利益分配和扭曲的高投资所造成。需要建立由利益分配机制和利益协调机制组成的利益分配协调机制，来确保我国矿业发展的可持续性。