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厌氧消化对畜禽粪便中抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)具有削减作用,有助于降低其造成的环境污染及生态风险。工艺参数是影响厌氧消化系统的重要因素,为研究工艺参数对牛粪厌氧消化系统中ARGs丰度和微生物群落结构的影响,本研究开展了温度、搅拌和固含率3种工艺参数下的厌氧消化试验,分析了厌氧消化理化特征、ARGs丰度、可移动遗传元件(Mobile genetic elements,MGEs)丰度和微生物群落结构,探究理化因子、ARGs、MGEs和微生物群落间的相互关系,揭示厌氧消化过程中不同工艺参数条件下影响ARGs丰度变化的关键因素。研究的主要结果和结论如下:(1)高温厌氧消化较中温反应时间缩短了15天,总产气量和总产甲烷量分别增加13.92%和16.86%;SCOD浓度升高了47.49%,氨氮浓度降低了5.64%;ARGs的绝对丰度降低了0.75 log;拟杆菌门丰度从40.26%降低至1.24%,螺旋体门丰度从15.42%降低至2.26%,厚壁菌门丰度从33.40%升高至86.58%。(2)中温厌氧消化下,搅拌使总产气量和总产甲烷量分别增加12.63%和6.00%;SCOD浓度升高26.39%,氨氮浓度降低3.91%;ARGs的绝对丰度提高0.13 log;螺旋体门丰度从15.42%降低至2.66%,拟杆菌门丰度从40.26%增加至52.49%。高温厌氧消化下,搅拌对总产气量、总产甲烷量和ARGs绝对丰度无明显影响,但MGEs的绝对丰度降低了0.18 log;绿弯菌门丰度从5.43%降低至3.15%,厚壁菌门丰度从86.58%增加至91.96%。(3)固含率从4%增加至16%时,厌氧消化总产气量和总产甲烷量分别从4463 mL和1987 mL增加至6637 mL和3602 mL;SCOD浓度从3158 mg/L增加至5575 mg/L;ARGs的绝对丰度从0.70 log降低至0.06 log,MGEs的绝对丰度从0.62 log降低至0.23 log;拟杆菌门和厚壁菌门丰度分别从49.70%和31.84%降低至38.17%和24.75%,螺旋体门丰度从9.37%升高至28.69%。(4)RDA分析表明,理化因子、MGEs及微生物群落可解释ARGs变化的99.8%以上。拟杆菌门、变形菌门和厚壁菌门与tet O、tetT、tetQ和tet X呈正相关,是其宿主菌;螺旋体门与tet A、tetC和tet G呈正相关,是其宿主菌。高温厌氧消化降低了变形菌门、拟杆菌门和螺旋体门丰度,促进了ARGs的去除;搅拌增加了拟杆菌门丰度,所以tetQ、tet X、intI1和int I2的绝对丰度升高0.18~2.24 logs;降低了螺旋体门丰度,所以tet A、tetC、tet G和Tn916/1545的绝对丰度降低0.22~0.73 log。高固含率降低了拟杆菌门和厚壁菌门丰度,增加了螺旋体门丰度,所以促进了tetA、tetG、tetQ、tetT、tetX、intI1和Tn916/1545的去除。