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目的:了解重庆地区轮状病毒、诺如病毒、肠道腺病毒、札如病毒、星状病毒病毒在5岁以内腹泻患儿中的地位及其分子流行病学特点。方法:收集重庆医科大学附属儿童医院2010年8月至2010年11月就诊的小于5岁腹泻患儿的大便标本共500份。分别用胶体金法、RT-PCR法进行A组轮状病毒、B组轮状病毒、C组轮状病毒、诺如病毒GI型和GII型、腺病毒、札如病毒、星状病毒检测,并对检测阳性的标本测序并建立进化树,分析诺如病毒、腺病毒、扎如病毒及星状病毒基因型。结果:共500份标本,男:女为1.4:1,其中主要是小于2岁婴幼儿占93.6%(468/500)。急性腹泻95.4%(477/500例),迁延性性腹泻4.6%(23/500例),其中病程最长的为2个月。急性腹泻患儿中A组轮状病毒阳性率27.7%(132/477),其次为诺如病毒GII型阳性率27.3%(130/477),肠道腺病毒阳性率6.3%(30/477),札如病毒阳性率1.9%(9/477),星状病毒阳性率0.2%(1/477)。23例迁延性腹泻中,2例轮状病毒感染,2例诺如病毒GII,1例为腺病毒。对检测阳性的标本的进行测序并基因分型(其中随机抽出22例诺如病毒阳性标本),诺如病毒以GII/4占绝对优势(14/22,63.6%),其后依次为GII/6(3/22,13.6%),GII/2(2/22,9.1%),GII/3(2/22,9.1%),GII/7(1/22,4.5%)。扎如病毒有4个基因亚型,GI/1为优势株,其后依次为GI/2,GII/1andGIV。腺病毒优势流行株为G41型。本次研究中共发现25例混合感染患儿且均为急性腹泻患儿占5.2%(25/477)。急性腹泻中RV阳性率27.7%(132/477),男:女为1.6:1,两者经卡方检验差异无统计学意义(P>0.05)。轮状病毒主要引起婴幼儿腹泻,小于2岁的患儿占96.2%(127/132)。诺如病毒GII型阳性标本130份为急性腹泻患儿,男:女为1.5:1,无明显统计学意义(P>0.05);小于2岁的患儿其占总发病例数的93.1%(121/130)。未检测到B、C组轮状病毒和诺如病毒GI型。结论:病毒是引起重庆地区小于5岁患儿腹泻的主要病原。其中A组轮状病毒是最常见的病原,诺如病毒也为常见病原,其后依次腺病毒、扎如病毒和星状病毒。诺如病毒主要为诺如病毒GII,其优势流行基因型为GII/4。腺病毒主要流行基因型为Ad41。扎如病毒优势流行基因型为GI/1。未检测到B、C组轮状病毒和诺如病毒GI型。