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本研究以我国重要的淡水养殖鱼类草鱼（Ctenopharyngodon idellus）为实验材料，采用RACE-PCR、分子克隆及实时荧光定量PCR等技术，对MHCⅡB和组织蛋白酶D（cathepsin D）基因进行了克隆分离、多态性分析和表达与功能检测等。主要研究结果如下：获得了950bp长度的草鱼MHC II B基因的cDNA全长序列，其包含21bp的5′UTR、753bp的CDS和176bp的3′UTR区。753bp的开放阅读框编码由250个氨基酸残基组成的蛋白质。草鱼MHC II B蛋白质包含4个结构域：1个信号肽序列、1个多肽结合域(beta域)、1个IGC结构域、1个跨膜结构域（Tm/Cyt）。蛋白质分子质量为28.70kDa，理论等电点（PI）为5.41。草鱼MHC II B蛋白在多肽结合区包含1个N-糖基化位点(N-X-S/T)。MHC II B蛋白质包含3个酪蛋白激酶II磷酸化位点(S/T-X-X-D/E)、6个蛋白激酶C磷酸化位点(S/TR/K)。同时，在多肽结合区也存在四个在不同物种间保守的半胱氨酸残基，其作用可能是形成两个二硫键。获得了草鱼MHC II B基因组DNA序列，其全长为2207bp，通过对比草鱼MHC II B全长基因组DNA和全长cDNA序列，发现草鱼MHC II B基因组结构与大西洋鲑和长吻鮠一样都包含6个外显子区和5个内含子区。获得了草鱼Cathepsin D基因的全长cDNA序列，提交GenBank获得登录号JX255676。Cathepsin D基因cDNA全长1647bp，包含56bp5′非翻译区（5′-UTR）、1197bp开放阅读框、394bp3′非翻译区（3′-UTR）。1197bp的开放阅读区编码398个氨基酸残基，包含18aa的信号肽和43aa的前导肽，信号肽和前导肽移除后形成为包含337aa的成熟蛋白质。Cathepsin D前体蛋白分子量为43.1KDa，理论等电点为5.67；成熟的蛋白质分子量为36.4KDa，理论等电点为5.06。成熟蛋白质不稳定指数（instability index (II)）为35.24，是一种稳定蛋白质；共含有32个负性氨基酸残基（Asp+Glu），24个带正电荷的氨基酸残基（Arg+Lys），其总平均疏水指数（Grand average of hydropathicity (GRAVY)）为-0.02，属于亲水蛋白。Cathepsin D蛋白在131aa位点含有1个N-糖基化位点(N-X-S/T)。从7尾草鱼分别得到了2、2、1、3、2、2、2个不同的MHC II B核苷酸序列，共获得了6个不同的核苷酸序列，分别编码6个不同的氨基酸序列，将其分别命名为Ctid-DAB*0101、Ctid-DAB*0102和Ctid-DAB*0103。在MHC II B基因的beta-1结构域PBR区，存在丰富的多态性，其中非同义突变和同义突变的比值为2.3，具有显著的正向选择特征。在草鱼胚胎发育的不同时期（卵裂期、囊胚期、原肠胚期、体节期、心跳期、孵化期和幼鱼期），MHC II B基因的mRNA表达量有显著的变化（P <0.05）。胚胎发育初期MHC II B基因mRNA表达水平较高，随后，表达量显著下调，并低水平表达，一直持续到心跳期，在孵化期表达量上调并保持在较高的表达水平。MHC II B基因的mRNA在健康草鱼检测的10个组织中均有不同程度的表达，以头肾中的表达量最高，其次依次是脾脏、鳃、肠和脑，在心脏、鳍等其他组织中的表达量较低。Cathepsin D基因的mRNA在卵裂期表达量高，在囊胚期表达量降低，并且保持较低的水平，直到体节期，在心跳期表达量有显著的提高，并且在孵化期和幼鱼期表达水平持续升高。总的来说，在草鱼胚胎发育过程中Cathepsin D基因mRNA表达量呈现逐渐上升的趋势。草鱼Cathepsin D基因mRNA在健康成鱼不同组织内表达水平差异显著（P <0.05），在性腺和肝脏中的含量最高，脑和鳍组织中表达量最低，性腺和肝脏相对表达量分别是鳍组织的26.58倍和24.95倍。肌肉组织表达量约为鳍的16倍，肠和脾脏是鳍的12倍。在实验室条件下，对草鱼进行人工感染嗜水气单胞菌后，其头肾、脾脏、肠和肝脏组织中，MHC II B基因的mRNA表达水平在PBS注射后的12h时均有小幅度的上调现象；Cathepsin D基因的mRNA表达量在肝脏和头肾组织中，PBS注射组和未注射组相比，其表达量差异不显著（P>0.05）；但是，在脾脏和肠中的差异显著（P <0.05）。在感染了嗜水气单胞菌的7d内，草鱼MHC II B和Cathepsin D基因的mRNA表达水平均表现出了显著的变化，提示，MHC II B和Cathepsin D基因作为重要的免疫因子，在机体清除病原的免疫反应中发挥着重要作用。