随着我国医改政策的提出,新疆积极在医疗卫生领域做出响应。公共医疗卫生是社会公众健康保障的第一道防线,对促进社会稳定和经济发展也发挥着基础性的作用。自推行医疗卫生体制改革政策以来,新疆愈加重视公共医疗卫生事业的发展,不断提高其财政支出的投入比例,增加医疗卫生投入规模和丰富医疗卫生财政支出结构;不断的将优质医疗卫生资源下沉,让社会大众在家门口就能看好病;提高城乡医保补助并且一直坚守群众健康底线;取消药品耗材的加成,降低公众看病消费负担。这些措施让新疆广大社会公众受益,但是不可否认的是新疆14地州（市）的医疗卫生体系依旧不完善,资源浪费现象严重,区域间的医疗卫生分配存在较大差异等问题。该文以公共产品理论、医疗卫生资源配置理论、投入产出理论为研究基础,对新疆14地州（市）的医疗卫生财政投入产出现状进行分析,利用变异系数法对南北疆地区的医疗卫生支出和医疗产量差异进行测度,结果表明南疆四地州医疗卫生财政投入不断增加,但是这些区域的医疗卫生领域的产出量水平不能与投入量匹配,值得肯定的是产出量在平稳的增长。同时采用DEA-Malmquist指数模型对投入产出效率水平进行分析,结果表明14地州（市）的医疗卫生资源配置效率水平存在较大的差异并且普遍呈现出医疗卫生资源配置的低效率,综合效率水平,技术水平及规模效益都尚未达到最佳配置水平,但是三种效率水平都在向好的方向发展。基于以上分析,给予如下建议:建立健全医疗卫生领域统筹层次和待遇调整机制;合理安排医疗设备与医护人员的配比率,不同等级医院实行分级管理;平衡好经济发展程度较好的地区与欠发展地区的医疗卫生资源的“竞争”,制定好医疗卫生资源配置的时间表,规划好路线图和排列好优先序;制定适当的医疗卫生支出规模,优化支出结构,打造最佳效率水平的安全网,避免医疗卫生资源冗余,降低医疗卫生资源配置水平;从医疗卫生领域本身着手,改善其内部管理水平,加强医务人员队伍建设,革新医疗卫生技术发展和发挥资源的规模效益。