1917年讨伐张勋复辟后,段祺瑞拒绝遵守《临时约法》与恢复被解散的旧国会,导致了南方护法运动的爆发。在山西,阎锡山完成军政统一后,支持段祺瑞对南方护法运动的镇压。到护法运动中后期,晋系集团逐渐成型。阎锡山对护法战争的态度,直接体现在几次出兵对抗南军的军事活动中。在南北开战后,阎锡山应段祺瑞要求派军征湘与入陕“剿匪”。同时,阎锡山趁机向北京政府要求军备和军饷,力图实现自己扩军的目标。以晋军征湘和入陕“剿匪”为标志,阎锡山实际参与到反对护法运动的行列里。阎锡山在护法运动中的政治活动表现为与南北两条线。这既使晋系集团得到段祺瑞支持而得到发展,又使山西避免四处出击而保存了实力。在此期间,阎锡山虽然一直声援段祺瑞,但与护法派仍有互动。在援陕期间,阎锡山曾经多次与靖国军通信,约定互不进攻;在南北议和期间,阎锡山拒绝执行段祺瑞针对靖国军的“陕北剿匪计划”,积极促成和议;阎锡山还多次与孙中山互动,拒绝出兵对抗1922年孙中山的北伐。护法运动与南北交战造成的混乱时局为晋系集团的崛起创造了良好的外部条件。阎锡山在完成军政统一的基础上,以参战与保境为名,大肆扩充军队,从而掌握了军阀赖以生存的“枪杆子”。而阎锡山在省内更积极发展军工产业,垄断金融和货币发行,发展社会经济,为晋系集团的发展奠定了坚实的经济基础。可以说,护法运动的契机对晋系集团崛起起到了关键作用。