【摘 要】
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目的胃癌是世界范围内最常见的恶性肿瘤之一,严重威胁着人类的生命。本文主要研究胃癌免疫基因多分子预后模型和构建lnc RNA-mi RNA-免疫基因ce RNA网络,并探索相关分子的生物学功能和预后相关性。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载了胃癌RNA表达数据。通过比较胃癌样本与正常组织样本,筛选出差异表达的长链非编码RNA(lnc RNA)和微小RNA(mi RNA)。从Innate D
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目的胃癌是世界范围内最常见的恶性肿瘤之一,严重威胁着人类的生命。本文主要研究胃癌免疫基因多分子预后模型和构建lnc RNA-mi RNA-免疫基因ce RNA网络,并探索相关分子的生物学功能和预后相关性。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载了胃癌RNA表达数据。通过比较胃癌样本与正常组织样本,筛选出差异表达的长链非编码RNA(lnc RNA)和微小RNA(mi RNA)。从Innate DB数据库下载免疫基因数据集,采用TCGA胃癌病人的RNA表达数据,提取免疫基因RNA表达数据,进行差异表达分析,筛选出差异表达的免疫基因。从JASPAR数据库下载转录因子数据集,采用TCGA胃癌病人的RNA表达数据,提取转录因子RNA表达数据,进行差异表达分析,筛选出差异表达的转录因子。对差异免疫基因与转录因子数据集功能富集,根据ce RNA假说提出的mi RNA与lnc RNA/m RNA之间相互作用关系,构建了ce RNA调控网络。另外,我们还对ce RNA网络中的RNA进行生存分析,筛选出与胃癌预后相关的RNA。通过COX回归分析和随机生存森林(RSF)预测免疫相关预后基因并构建生存模型,然后通过TCGA和GEO数据库分析验证胃癌免疫基因多分子预后模型。然后我们从GSE15886下载了数据集,对该数据集进行了免疫浸润分析,进一步我们探索了KNG1和22种免疫细胞的关系,最后我们在TCGA数据库对该基因进行了验证。结果通过将胃癌样本和正常样本比较,共有26个lnc RNA,12个mi RNA和10个m RNA被纳入进我们的ce RNA网络中。基因功能富集分析结果表明ce RNA中的靶基因与细胞外基质结构成分、细胞粘附分子结合和肽酶调节活性、金属离子跨膜转运蛋白活性、通道活性和被动跨膜活性转运蛋白活性的功能相关。最后,鉴定出2个核心免疫基因(ADCY5、KNG1)。在胃癌和正常组织之间共筛选出了233个极显著差异表达的免疫相关基因,并且与5个免疫相关预后基因(CGB2、CGB8、DEFB126、GHR和RBP4)组成的免疫预后模型与胃癌的总体生存率(OS)密切相关。根据风险评分截断值,将患者分为高危组和低危组。在训练组(P<0.0001)和测试组(P=0.0021)中,高风险组患者的总生存期明显短于低风险组的患者。我们发现胃癌基因和B细胞CD4记忆T细胞存在显著的关系。在KNG1和免疫细胞的关系中我们发现KNG1和滤泡辅助性T细胞存在明显负相关关系,和活化的肥大细胞存在明显正相关关系。结论1、我们的研究确定了CGB2、CGB8、DEFB126、GHR和RBP4这五个免疫基因和胃癌总体生存率密切相关。2、我们研究鉴定了免疫基因ADCY5、KNG1在胃癌的发生中起着关键作用。其中KNG1和滤泡辅助性T细胞存在明显负相关关系,和活化的肥大细胞存在明显正相关关系。
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