目的:本研究旨在评价湖北省恩施州（恩施市、巴东县与咸丰县）的基层医疗卫生机构相对效率及全要素生产率,并分析相对效率的影响因素,以期为促进恩施州基层医疗卫生机构的效率改进及政府卫生政策制定提供参考。方法:本研究的数据主要来源于恩施市、巴东县与咸丰县2015-2020年的卫生统计报表及《湖北统计年鉴》。以三县市的37家基层医疗卫生机构为研究对象,运用Bootstrap-DEA模型分析其2015-2020年的相对效率,运用Bootstrap-Malmquist-DEA模型分析其2015-2020年的全要素生产率指数及其分解效率变化趋势,并运用随机效应面板Tobit回归模型探讨相对效率的影响因素。本研究利用SPSS 22.0进行数据整理与描述性分析,运用R4.0.4软件结合Benchmarking软件包与FEAR软件包,以产出为导向,进行Bootstrap-DEA与Bootstrap-Malmquist-DEA分析,采用Stata MP16软件进行面板Tobit回归分析。结果:（1）在投入指标方面:2015-2020年,三县市37家基层医疗卫生机构的卫生技术人员数、实有床位数与万元以上设备数平均增长率分别为10.12%、1.50%与102.19%;在产出指标方面:门急诊人次与重点人群健康管理人数均实现了增长,平均增长率分别为5.91%与32.21%,但出院人次却呈现下降趋势,平均降幅为22.42%。（2）在相对效率方面,经Bootstrap-DEA纠偏后的37家基层医疗卫生机构6年的技术效率均值为0.754。2015-2020年,技术效率平均值、纯技术效率平均值与规模效率平均值均呈先升后降的趋势,在2018年达到峰值,且在数值上恩施市高于巴东县高于咸丰县,社区卫生服务中心高于乡镇卫生院。（3）在全要素生产率方面,2015-2020年,全要素生产率指数总体呈下降趋势,降幅为19.3%,技术进步指数下降为主要影响因素。分县市来看,恩施市全要素生产率指数总体下降幅度为23.5%,受到技术效率指数与技术进步指数共同下降影响,巴东县与咸丰县的全要素生产率指数总体下降幅度分别为9.9%与21.1%,主要受到技术进步指数下降的影响。分机构类型来看,社区卫生服务中心全要素生产率总体下降幅度为15.4%,受到技术效率指数与技术进步指数共同下降影响,而乡镇卫生院全要素生产率总体下降幅度为19.9%,主要由技术进步指数下降所影响。（4）在影响因素方面,对技术效率值具有正向影响的因素包括财政拨款金额、区域常住人口数、病床使用率、业务用房面积,具有负向影响的因素有卫生技术人员数与出院患者平均住院日;对纯技术效率值具有正向影响的因素有财政拨款金额与病床使用率,具有负向影响的因素有机构下设村卫生室数、驾车至人民医院耗时、卫生技术人员数与出院者平均住院日;对规模效率值具有统计学意义的仅有病床使用率,为正向影响因素。结论:2015-2020年,恩施州基层医疗卫生机构发展规模有所提升,但技术效率仍处于一般水平,且未能实现持续性提升。不同县市、不同性质的基层医疗卫生机构效率水平存在差异,经济发展程度越好效率值越高。全要素生产率指数总体有较大幅度下降,技术进步指数下降为主要原因。病床使用率在效率值影响因素中最为突出,是技术效率、纯技术效率与规模效率的共同影响因素。建议政府加强卫生资源投入,补齐短板,探索基层医疗卫生机构内在发展动力,加强人才队伍建设,提升专业技术水平,同时,积极开展第三方效率评估,有侧重地对效率重点影响因素进行提升,多举措促进基层医疗卫生机构的高质量发展。